本发明涉及一种基于多FPGA加速器互联的图计算优化方法，其针对图环境的计算通信比低，而异构环境下图计算Graph Processing通信开销大和负载不均衡等问题，其目的在于通过优化图划分Graph partitioning方式节约加速器间通信开销以提高系统扩展性，通过动态调度方法使加速器间负载量达到均衡以提升计算性能，同时协调图的局部性和并行性，通过优化多FPGA互联架构下的图数据划分、组织与调度方法，实现子图高效划分与高速运行之间的有效平衡tradeoff。预处理模块将图数据Graph data按照不追求FPGA加速器彼此之间的负载极致均衡的方式划分为若干子图数据Subgraph data，至少两个FPGA加速器对子图数据按照动态调度的方式进行图计算以获取计算结果。