本发明为基于多层功能薄膜的电致变色器件及其制备方法，其器件包括依次连接的第一透明电极层、多个阴极变色功能层、电解质层、阳极变色功能层和第二透明电极层，第一透明电极层设置在阴极变色功能层的相对外表面上，第二透明电极层设置在阳极变色功能层的相对外表面上；多个阴极变色功能层包括由MoO3材料制成的主阴极变色功能层和被覆于主阴极变色功能层的相对外表面的辅阴极变色功能层，主阴极变色功能层厚度大于辅阴极变色功能层厚度。本发明融合了多个变色功能层材料的优点，以解决钼的氧化物的电致变色器件的附着性差、稳定性不佳的问题，实现所制器件的稳定性、电致变色响应速度和光调范围等综合性能的提升，降低器件制作成本。