本发明公开了一种超高重频窄脉冲单波长交替调Q激光输出方法及激光器，所述激光器包括：第一泵浦源、第一光纤、第一耦合透镜组、第一激光全反射镜、第一激光增益介质、第一起偏器、激光腔前腔镜、第一45°反射镜、第一菱形棱镜、电光调Q晶体、第二45°反射镜、第二菱形棱镜、四分之一波片、第二起偏器、第二激光增益介质、第二激光全反射镜、第二耦合透镜组、第二光纤和第二泵浦源。本发明可以获得较宽波长范围的单波长激光，激光增益介质的种类不受限定，另外本发明采用双泵浦源交替连续泵浦双激光增益介质，两个激光增益介质轮流工作，这样在高泵浦功率条件下能够极大地降低激光器的热效应。