本发明公开了一种双波长交替调Q窄脉冲激光器及输出方法。所述激光器包括：第一泵浦源、第一光纤、第一耦合透镜组、第一激光全反射镜、第一激光增益介质、第一起偏器、第一棱镜、第一45°反射镜、电光调Q晶体、第二45°反射镜、四分之一波片、第二棱镜、激光腔前腔镜、第二起偏器、第二激光增益介质、第二激光全反射镜、第二耦合透镜组、第二光纤和第二泵浦源。本发明可以获得较宽波长范围的双波长激光、较大的波长之间差值，在输出脉冲序列上呈现出双波长脉冲交替状态，并且激光增益介质的种类不受限定，另外本发明采用双泵浦源交替泵浦双激光增益介质，两个激光增益介质轮流工作，这样在高泵浦功率条件下能够极大地降低激光器的热效应。