本发明公开了一种双波长激光交叉跳频调Q输出激光器及激光输出方法，其特征在于，所述激光器包括第二泵浦源、第二光纤、第二耦合透镜组、第二激光全反射镜、第二激光增益介质、第二起偏器、四分之一波片、第二45°反射镜、第二激光输出镜、电光调Q晶体、第一激光输出镜、第一45°反射镜、第一起偏器、第一激光增益介质、第一激光全反射镜、第一耦合透镜组、第一光纤和第一泵浦源。本发明通过随时间变化跳跃式地对两激光增益介质进行脉冲泵浦，实现双波长激光交叉跳频调Q输出。