本发明公开了模块化储能电池并网系统的电池健康状态均衡方法及系统，包括：退役电池组进行相对健康状态SOH检测，确定电池组中各个单体电池的相对SOH；在退役电池组内，利用电池管理系统BMS的主动或被动均衡电路，进行单体电池间的SOH均衡；基于组内和组间SOH均衡的耦合关系，利用功率变换系统PCS进行组内和组间SOH均衡的协调配合，使得单体电池和电池组同时达到SOH均衡。与仅考虑组间SOH均衡相比，本发明可以进一步延长储能系统的整体寿命。