本申请公开了一种磁场总场的补偿方法、装置、系统及存储介质，通过超导三轴磁强计获取磁场在坐标系下的分量值，通过光泵传感器获取磁场的光泵总场值，对分量值进行校正，得到校正后的分量值。利用磁干扰补偿模型、校正后的分量值和光泵总场值得到方向余弦特征矩阵，通过惯导传感器获取姿态信息，基于姿态信息确定姿态特征矩阵，对方向余弦特征矩阵，姿态特征矩阵进行滤波处理，得到滤波后的方向余弦特征矩阵和滤波后的姿态特征矩阵。将滤波后的方向余弦特征矩阵和滤波后的姿态特征矩阵输入已训练好的磁场补偿模型，得到补偿的磁干扰值，根据光泵总场值和补偿的磁干扰值得到目标磁场总场值。如此，可以得到精度更高的磁场总场值。