本申请公开了一种利用有源硅连接层实现时钟树的多裸片FPGA，该多裸片FPGA中包括若干个FPGA裸片，这若干个FPGA裸片层叠设置在同一个硅连接层上，通过硅连接层内部的跨裸片连线实现互连通信；硅连接层内还布设有源器件构建平衡时钟树，时钟信号经过平衡时钟树推到各个FPGA裸片，使得各个FPGA裸片的时钟同步，硅连接层内的平衡时钟树可以平衡时钟信号到达各FPGA裸片的延时，降低跨裸片通信时存在的时钟skew过大的问题，加快设计收敛，从而提高多裸片FPGA的性能。