本发明公开了一种负载MnO的石墨化中间相碳微球及其制备方法和应用，其制备方法包括以下步骤：S1、将锰盐溶于乙醇水溶液中，得到锰盐溶液；S2、将表面氧化的石墨化中间相碳微球与锰盐溶液混合搅拌均匀，得到悬浮液；S3、将碳酸氢盐水溶液加入所述悬浮液中搅拌均匀，然后陈化，离心，将得到的沉淀清洗，烘干，得到前驱体；S4、将所述前驱体在惰性气氛下煅烧，冷却后即得。本发明制得的材料能够保持球形形貌，且具有紧密堆积性能，不仅具有良好的倍率性能，而且比容量得到大幅度提升，用作锂离子电池负极材料，可以提高锂离子电池的能量密度和循环性能。