本发明提供车辆控制系统，在以自动驾驶中的车辆追随目标轨道的方式执行车辆行驶控制时，抑制车辆的乘员等不适感、不安感。车辆行驶控制装置以使车辆追随目标轨道的方式执行车辆行驶控制。自动驾驶控制装置生成用于车辆的自动驾驶的目标轨道亦即第1目标轨道。车辆行驶控制装置还构成为能够以提高车辆行驶的安全性、减少乘员的不适感、车辆举动的稳定化等为目的来执行控制转向操纵、加速以及减速中的至少1个的行驶辅助控制。在该行驶辅助控制的工作条件成立的情况下，车辆行驶控制装置生成用于行驶辅助控制的目标轨道亦即第2目标轨道。车辆行驶控制装置对第2目标轨道比第1目标轨道更赋予权重来执行车辆行驶控制。