本发明公开了一种自然资源多源矢量数据融合方法，选取自然资源多源矢量数据中的基础数据和专题数据，进行空间拓扑检查和图斑合理性检查，然后将两者图形边界拟合和图形几何特征匹配得到第一融合数据；对第一融合数据进行图斑合理性检查后剔除基础数据中的不合理图斑，对筛选后的不合理图斑进行图形几何调整得到第二融合数据；将第二融合数据的基础数据属性和专题数据属性进行融合得到对应的融合数据属性；最后将第二融合数据中属性相似的相邻图斑进行合并，得到第三融合数据。本发明能够实现几何特征融合结果与属性特征融合结果的联动调整，并且针对不合理图斑分别进行调整，有效的减少了融合结果中的数据冗余。