本发明提供一种畜禽音频指纹提取方法及装置，所述方法包括：按预设采样周期采集目标畜禽的多个音频片段；针对任一目标音频片段，将所述目标音频片段转换成声谱图，并根据预设的至少一个掩模确定所述声谱图中的多个谱区域；确定每个谱区域的均值能量，所述均值能量为所述谱区域所包含的所有点的能量值的平均值；获取每个掩模对应的多个谱区域的均值能量之间的差值，并根据所述差值生成所述目标音频片段的音频指纹；获取每个所述音频片段所对应的音频指纹，并根据所有音频指纹确定所述目标畜禽的目标音频指纹。本发明通过将目标畜禽的音频片段转换为二进制数组，大大减少了数据量，提高了畜禽音频检索与识别的效率。