本发明属于生物医药技术领域，具体为一种法氏囊亚病毒颗粒疫苗及其制备方法。本发明针对鸡传染性法氏囊病毒变异株，采用马克斯克鲁维酵母重组表达法氏囊亚病毒样颗粒的工程菌株，制备得到有效的法氏囊亚病毒样颗粒疫苗。本发明首先提供重组表达病毒亚病毒样颗粒的马克斯克鲁维酵母工程菌株；该重组菌株是将重组表达法氏囊病毒衣壳蛋白载体转化马克斯克鲁维酵母KM‑YDQ1所获得；法氏囊病毒亚病毒样颗粒疫苗以马克斯克鲁维酵母重组工程菌株经培养发酵、分离纯化获得的法氏囊亚病毒样颗粒作为活性成分。雏鸡免疫法氏囊亚病毒颗粒疫苗，对法氏囊病毒变异株FJ‑18株及经典强毒株BC6/85的保护效力均达到100%。