本发明公开了一种医药高光谱数据的图像重构方法，在通过高光谱相机获取到医药高光谱数据后，首先采用数据预处理的方法，对采集的原始数据进行筛选和裁剪，预处理部分为数据集的建立提供了保障，在保留医药产品特性和对比度的同时，极大程度去除托盘背景部分的干扰；其次，通过构建的卷积自编码器，学习医药高光谱的非线性表示，最后通过求解全局非线性最优化问题，通过保真度先验，将学习到的非线性表示的保真度和空间域梯度的稀疏性统一起来，从编码后的图像重构出高光谱图像。本发明显然能够提升重构准确率，提高信噪比，降低硬件设备存储压力。