本发明公开了一种同步磁阻电机电磁转矩观测方法及控制系统，涉及步磁阻电机控制技术领域，该方法包括：注入互补的高频方波电压信号，并对产生的dq轴总电流进行采样；基于相邻两个周期dq轴高频响应电流对称的特性以对采集的dq轴总电流进行信号分离，得到dq轴高频响应信号；提取dq轴高频响应信号的包络线，计算同步磁阻电机的dq轴电感；根据dq轴电感计算同步磁阻电机电磁转矩。本发明可以解决现有的基于高频注入法的同步磁阻电机转矩观测法的转矩脉动较大，使用滤波器较多导致芯片运算负荷重的问题。