本发明属于微生物发酵生物制氢技术领域，具体涉及一种同步糖化暗‑光联合生物发酵制氢方法及系统。所述同步糖化暗‑光联合生物发酵制氢系统，通过在产氢过程中，以农业秸秆为原料进行产氢，并把酶水解和产氢发酵耦合于同一个装置，避免了在酶解过程中糖类的累积抑制纤维酶的活性，造成底物水解不彻底的现象，从而提高产氢效率，同时减少了柠檬酸钠等试剂的用量。在本发明的工艺中，纤维素生物质在被水解成糖的同时糖也被产氢菌消耗，促进了酶水解的正向进行，同时减少了反应器的数量，降低了成本，从而提高产氢效率。