本发明提供一种可变气门正时的控制方法、系统、整车控制器及车辆，控制方法包括步骤：获取车辆及发动机的当前运行工况参数，根据当前运行工况参数确定车辆发动机的需求目标和发动机的目标工况；根据发动机的需求目标以及目标工况控制可变气门正时系统；若发动机的需求目标为低能耗，则以预设的第一关系函数计算在目标工况下油耗最低时的进排气正时；若发动机的需求目标为快速瞬态响应，则以预设的第二关系函数计算在目标工况下瞬态响应时间最快时的进排气正时。由此，实时在线调整优化车辆进排气正时，改善了不同工况下发动机性能的匹配性，提升了车辆运行的经济性、动力性和平顺性，改善了用户体验感。