本发明公开了一种基于参考基因组的针对多样本的转录组组装方法，属于生物信息学中的转录本组装领域，具体步骤为：(一)利用序列比对工具对下机得到的原始测序数据进行分析，获得回帖到参考基因组上的结果；(二)针对每一个样本的回帖结果构建单个样本的初始剪接图；(三)将每个样本的传统剪接图整合为矢量加权剪接图(VWSG)；(四)生成代表转录本的路径。本发明的方法从融合多样本数据信息的角度所设计了新型转录组组装工具TransMeta。该工具在准确率(precison)、召回率(recall)、AUC以及F‑Score等多个评价指标上相较于其他常用算法均取得了令人鼓舞的提升。