本发明公开了一种测量船用全自动井式测量装置及其测量方法，其包括测量井、导轨组件、升降绞车组件、升降测量平台、底部封板组件、电控系统。通过封板组件独特的结构将测量井底部开口封闭，防止水面形成的浪涌倒灌进测量井内部，极大地减少了兴波阻力，降低测量船能耗，提高续航；减小船舶受力不均程度，减轻船舶摇晃，提高船舶横稳性和操纵性，保证航行安全性，还能提高测量船航行时的测量精度。采用独特的矩形门的升降轴出口与缺口封板相配合的结构可以在升降测量平台进行测量作业的同时依然能够封闭测量井底部。