本发明提供了一种基于多模态数据融合的脑功能障碍辅助评估方法。所述方法包括以下步骤：获取功能性核磁共振成像、脑电图以及功能性近红外光谱数据；根据获取的数据，分别基于离散时空数据融合模型、连续时空数据融合模型和异构时空数据融合模型，获得对应的特征信息；通过基于机理分析与多模态特征融合的脑功能障碍辅助评估诊断方法，分析离散时空数据融合模型、连续时空数据融合模型和异构时空数据融合模型产生的对应的特征信息，并生成患者脑活跃度情况，完成脑功能障碍辅助评估。本发明便于辅助医护人员对患者脑功能进行诊断。