本申请实施例提供的一种车辆控制系统、车辆及车辆氢气加注的控制方法，涉及新能源车辆技术领域。其中车辆包括车辆控制系统，车辆氢气加注的控制方法应用与车辆控制系统，车辆控制系统中的第一继电器仅与储氢管理模块电连接，而整车的其他零部件分别与多个的第二继电器电连接，因此在需要加氢时，整车控制模块仅控制第一继电器闭合即可，而其余的多个第二继电器均处于断开状态，尽可能的保证了在加氢状态时，整车大部分的零部件处于休眠状态，也即不上电的状态，进而能够有效的保证车辆在加氢时的安全。