本发明公开了一种基于智能手机的海况实时估算方法及系统，属于海况实时估算技术领域，方法通过两台智能手机的相机实时拍摄海面的视频，对两个手机视频进行帧同步后，进行波面的三维重构得到三维波面图像；将三维波面图像输入训练好的深度学习分类模型中，输出实时海况等级；预先利用三维波面图像数据集训练深度学习分类模型，使之通过学习训练输入三维波面图像即可输出实时海况等级。本发明利用廉价的智能手机相机，经济高效地完成对原始海洋图像的实时采集，较好地解决了数据源的问题；采用卷积神经网络搭建深度学习分类模型，利用三维波面图像数据集进行训练，实现对海况高准确度、低成本的实时估算。