本发明公开了一种基于协作干扰的无人机安全通信系统及方法，属于无人机技术领域。对单次派遣空中区域的所有无人机位置信息进行实时跟踪，进而将空中区域划分为指令区域和非指令区域，以应对无人机位置动态变化和随时变化的指令要求的情况；找寻无人机雷达通信链路关系，构建无人机组网通信链路动态模型，从而形成动态的链路关系，加强动态的数据链路干扰阵型的持久性；构建无人机组网协作干扰安全通信动态区域模型，以应对多变的空中局势，加强对通信传输的保护；进而对单次派遣空中区域的所有无人机进行动态调度，形成最大化安全机动区域，保证最快调度的同时最大化保证无人机组网通信链路动态连接关系的完整，以减少威胁风险。