本发明公开了一种基于生物有效性的土壤基准制定及风险评估的方法，包括：获取土壤污染物生物有效性数据并进行预处理；将预处理后的土壤污染物生物有效性数据根据污染物种类划分数据集；建立土壤污染物生物有效性含量预测模型并基于数据集进行训练，获取最优拟合模型；基于最优拟合模型输出生物有效性数据；基于生物有效性数据计算基于生物有效性的土壤基准值并进行基于生物有效性的土壤污染物生态风险评估。本发明充分考虑了在土壤中量化污染物生物有效性和处理地理变异性的重要性，可以对目标土壤中污染物的生物有效性含量进行较好的预测，避免生态风险的高估。