本发明提供了一种流式细胞仪输出去细胞团信号的方法、介质及系统，属于流式细胞仪技术领域，该方法包括：遍历FSC脉冲集中的每个电脉冲信号，获取通道值大于第一阈值的电脉冲信号，形成FSC大脉冲集；根据FSC大脉冲集对FSC矩阵、SSC脉冲矩阵以及荧光脉冲矩阵进行筛选；将得到的筛选FSC矩阵、筛选SSC脉冲矩阵以及筛选荧光脉冲矩阵建立聚合矩阵；利用细胞团分析模型对聚合矩阵进行分析，得到聚合矩阵中的对应细胞团的电脉冲信号；在电脉冲信号集合中删除对应细胞团的电脉冲信号。本发明能够解决现有的细胞团识别和去除方法依赖手工设定阈值和参数,针对不同样品需要人工调节识别规则,无法实现自动化的技术问题。