本发明涉及一种在用于尤其在关断燃料电池系统(100)时、优选在为所述燃料电池系统(100)的启动、尤其是冷启动做准备时控制燃料电池系统(100)的干燥过程的方法，所述方法具有下述步骤：引入所述燃料电池系统(100)的干燥过程；将所述燃料电池系统(100)的至少一个功能系统(1，2，3，4)中的至少一个运行参数(i，ii，iii)调整到恒定的水平；在所述燃料电池系统(100)的至少一个功能系统(1，2，3，4)中监控所述燃料电池系统(100)的堆垛(101)的至少一个排出温度(TCathOut，TAnodOut)；分析处理所述至少一个排出温度(TCathOut，TAnodOut)；根据所述分析处理，确定用于结束所述干燥过程的终止时间点(tdryEnd)。