本发明公开了一种复配凝结芽孢杆菌菌剂及其制备方法与应用，属于微生物技术领域。本发明提供的复配菌剂由凝结芽孢杆菌BC77和凝结魏茨曼氏菌VC77复配得到，当BC77和VC77的复配比例为1：2时，混和菌株具有优秀的抑菌效果与高效的真菌毒素降解能力，对病原菌的抑制达到84.2％以上，对黄曲霉素的降解率达到86.7％以上，对玉米赤霉烯酮的降解率达到了92.7％以上。本发明的复配凝结芽孢杆菌菌剂对抗生素滥用、环境治理具有积极的治理效果。