本发明公开了一种基于跨尺度连接网络的大地电磁信号去噪方法及系统，包括：利用含噪信号样本库、噪声轮廓样本库训练出基于跨尺度连接网络模型的信噪映射模型，致密连接网络包含依次连接的基于轻量级致密连接网络骨干的特征提取模块、跨尺度连接层以及噪声特征融合模块；将实测的含噪大地电磁信号输入至所述信噪映射模型得到对应噪声轮廓，以及将所述实测的含噪大地电磁信号减去噪声轮廓得到去噪后的大地电磁信号。本发明优化网络架构引入跨尺度连接网络进行去噪，更进一步引入滑动多尺度分布熵进行信噪辨识，能够更有效引导网络精准压制大地电磁信号中的强干扰，保留信号低频段的缓变化信息，实现了良好的去噪效果，且可被应用于其他信号降噪领域。