本发明公开了一种基于大跨度刚性载体的高精度自动测流系统，包括刚性轨道、轨道式行车运行系统和上位机；刚性轨道包括若干根焊接在一起的方形钢管，以简支梁形式架设于渠道断面上方；所述渠道断面的长度不小于50米；所述刚性轨道上均匀分布有定位板；所述轨道式行车运行系统安装在刚性轨道上，沿刚性轨道移动；所述轨道式行车运行系统包括车体、主动轮、驱动部件、从动轮、升降部件、测流组件和控制器。本发明能够适应断面宽度大于50米的大跨度渠道，测桥建设难度大的应用场景；并且在矩形轨道上仍然能够保持较高的移动精度和稳定的移动速度，最大行车速度可达2m/s，确保了多点测量时流量数据稳定性和及时性。