本发明提供了一种聚甲氧基二丁基醚的精制方法，属于化工分离技术领域，包括以下步骤：步骤1：制备ZSM‑5型分子筛；步骤2：将摩尔比1：（1.8‑2.2）的丁醇和多聚甲醛混合，多聚甲醛以甲醛计，将混合物泵入反应釜中，在ZSM‑5型分子筛作为催化剂的作用下，反应，得到反应物；步骤3：将反应物泵入加压精馏塔中，进行分离，从塔底分离出聚甲氧基二丁基醚，从塔顶分得到轻组分。本发明解决了现有技术中利用丁醇和多聚甲醛合成聚甲氧基二丁基醚收率和纯度低的问题，选用腐蚀性低的ZSM‑5型分子筛作为催化剂，制备的新型ZSM‑5型分子筛既可以满足对体系酸度的要求，同时稳定性高，可以降低催化剂回收再处理的频率。