本发明提供了基于双目视觉的自动化焊接方法及系统，包括：S1：数据采集：通过双目相机和线激光对被焊接工件的焊缝进行扫描；S2：将采集到的原始数据实时传输至工业计算机进行分析和处理，得到焊缝点云数据；S3：根据焊缝的形状创建目标焊缝模板，根据焊缝模板生成模板点云数据；S4：对焊缝点云数据进行计算，得到焊缝点云和模板点云的重心；S5：模板比对，使模板点云和焊缝点云的重心进行重合，并通过不断迭代降低点云之间的配准误差，找到最优的变换矩阵，最后将焊缝模板进行切片操作得出最优的焊接轨迹。本发明的方法具备强大的自适应能力，能够灵活应对各种复杂工况，满足多样化的焊接需求，为现代制造业的转型升级提供了强有力的技术支持。