本发明涉及一种基于三维重建的选择性肝胆血流阻断标定方法及系统，包括了通过主干网络提取肝胆断层图像的特征图，将特征图输入得到分类分支得到每个像素点的概率分布矩阵，计算所述肝胆断层图像中每个点的梯度得到边缘强度图，利用概率分布矩阵和边缘强度图得到边缘不确定概率图，根据边缘不确定概率图和概率分布矩阵对医学断层图像进行图像分割得到感兴趣区域；确定需要在两个相邻断层图像之间插入图像个数，根据两个相邻的断层图像同类感兴趣区域以及所述边缘不确定概率图确定插入图像中感兴趣区域；利用分割得到的感兴趣区域和插入图像的感兴趣区域进行三维重建，利用血管和病患区域的关系确定血流阻断标记位置。