本发明涉及医疗设备技术领域，公开了一种高频喷射呼吸机的控制系统及方法，其中，控制系统包括：混氧控制模块，用于控制空气气源输送的空气与氧气气源输送的氧气置于混氧容器中进行混合；混氧输送控制模块，用于将混合气体分别输送至高频单元容器以及常频单元容器；双频气路控制模块，用于生成第一预设压力值范围的高频混合气体和/或第二预设压力值范围的常频混合气体，并输送至所述喷射口；喷射口压力控制模块，用于控制喷射口输出符合目标压力值的目标混合气体。本发明通过设置两个单元容器，减小输入压力的波动从而稳定后端输出的混合气体，且通过区分高频和常频单元的气体输入控制策略，满足精准压力控制的临床需求。