本实用新型提供一种电动开窗器的控制器与控制系统，所述控制器包括：单片机、蓝牙模块、继电器和电源模块；所述蓝牙模块通过串口与所述单片机相连，且可与智能移动设备进行蓝牙匹配，并进行数据的传输；所述单片机的第一I/O端口通过所述继电器连接目标开窗器，所述单片机根据内部运放电路和逻辑电路的组合变换，通过调整所述第一I/O端口的电平信号，控制所述继电器的通断，进而控制所述目标开窗器动作；所述电源模块分别电连接所述单片机、所述蓝牙模块和所述目标开窗器。本实用新型能够有效降低施工安装难度和控制操作复杂程度，优化系统整体外观，改善用户体验。