公开(公告)号：KR100839221B1

公开(公告)日：2008-06-19

申请号：KR1020060095827

申请日：2006-09-29

Applicant: 고려대학교 산학협력단

Inventor： 이재원 ,  김철민 ,  전명식 ,  송석헌 ,  이정복 ,  손인석 ,  박미라

IPC: G06F17/50 ,  G06F9/455

Abstract: 마이크로어레이 통합 분석 방법이 개시된다.
본 발명은 실험 설계, 표준화, 추정과 검정, 군집 분석 및 분류로 구성된 상위 메뉴의 아이템에 대하여, 상기 아이템 중 상기 실험 설계가 선택되면, 염료 교환, 기준설계 또는 루프설계 중 어느 하나의 실험 디자인을 선택하는 인터페이스와 상기 선택된 실험 디자인에 사용될 설계 파라미터를 입력하는 인터페이스를 디스플레이하고, 상기 입력된 설계 파라미터를 이용하여 상기 선택된 실험 디자인에 대한 아노바 설계 매트릭스를 생성하는 단계, 상기 아이템 중 상기 표준화가 선택되면, 입력된 슬라이드 정보를 이용한 단일 슬라이드 표준화, 단일 배치 표준화 및 다중 슬라이드 표준화를 순차적으로 수행하여 표준화 결과를 생성하는 단계, 상기 아이템 중 상기 추정과 검정이 선택되면, 상기 표준화 결과에 대해, 소정의 추정과 검정 방법을 수행하여 마이크로어레이 실험에서 유의한 유전자를 선택하는 단계, 상기 아이템 중 상기 군집 분석이 선택되면, 상기 표준화 결과를 이용하여 소정의 군집 분석을 수행하여 생성된 군집 분석 결과를 그래프로 디스플레이하는 단계 및 상기 아이템 중 상기 분류가 선택되면, 상기 표준화 결과 및 처리군 간의 변동과 처리군 내에서의 변동의 비를 이용하여 후보 유전자를 선정하고,상기 후보 유전자에 대해 소정의 분류를 수행하여 상기 설계 파라미터에 의한 관심 대상 그룹을 예측하며, 오분류율을 출력하는 단계를 포함한다.
본 발명에 의하면, 하나의 통합시스템에서 마이크로어레이 자료 분석의 전 과정을 처리함으로써, 데이터베이스를 공유하여 마이크로어레이 스캐닝 이미지 자료에 대한 체계적인 통계분석을 수행할 수 있고, 각 실험의 상황에 따른 최적의 통계분석법을 적용함으로써 부적절한 방법의 적용으로 인한 위양성 및 위음성 오류율을 최소화하고 연구결과의 신뢰성을 높일 수 있으며, 편리하고 사용자 친화적인 인터페이스를 제공하여 분석이 용이하다.

公开(公告)号：KR1020080088540A

公开(公告)日：2008-10-02

申请号：KR1020080073692

申请日：2008-07-28

Applicant: 고려대학교 산학협력단

Inventor： 이재원 ,  이정복 ,  손인석 ,  김철민

IPC: G06F19/18 ,  G06F19/12

CPC classification number: G06F19/28 ,  G06F19/20

Abstract: A method for searching an EST(Expressed Sequence Tag) function is provided to enable a user to search the EST function conveniently by minimizing user manipulation, and enable the user to understand a search result easily by displaying the search result in a table and an image. Function group information is generated by classifying ESTs included in a plurality of DNA(DeoxyriboNucleic Acid) chips and is stored to a database(210). A list of function categories is displayed through an output device(220). The EST corresponding to the selected category is extracted from the function group information stored in the database when a signal selecting one of the function categories is received from a data input device(230). Block information of the extracted EST and the information including column/row indexes in a block are displayed through an output device by using a table or a DNA chip image(240).

Abstract translation: 提供了一种用于搜索EST（表达序列标签）功能的方法，以使用户能够通过最小化用户操纵来方便地搜索EST功能，并且使用户能够通过将搜索结果显示在表格和图像中来​​容易地理解搜索结果 。 通过对包含在多个DNA（脱氧核糖核酸）芯片中的EST进行分类而生成功能组信息，并存储到数据库210。 通过输出设备（220）显示功能类别的列表。 当从数据输入装置（230）接收到选择功能类别之一的信号时，从存储在数据库中的功能组信息中提取与所选类别相对应的EST。 通过使用表或DNA芯片图像（240），通过输出装置显示提取的EST的块信息和包括块/行索引的信息。

公开(公告)号：KR1020080030147A

公开(公告)日：2008-04-04

申请号：KR1020060095841

申请日：2006-09-29

Applicant: 고려대학교 산학협력단

Inventor： 이재원 ,  이정복 ,  손인석 ,  김철민

IPC: G06F19/10 ,  G06F19/12 ,  G06F19/18

CPC classification number: G06F19/28 ,  G06F19/12 ,  G06F19/18 ,  G06F19/20 ,  G06F19/26

Abstract: A method for verifying reliability of duplication experiment and dye-swap experiment, finding effective genes, searching EST according to function and building database with laboratory primer information, and a recording medium thereof are provided to minimize user manipulation by classifying gene information of a DNA chip and constructing a database. DNA chips for duplication experiment and dye-swap experiment are selected from a plurality of DNA chips allocated to the plural experiment conditions different from each other respectively(210). An intensity difference value between the selected duplication experiment DNA chip and the dye-swap experiment DNA chip is inputted(220). A spot region larger than the inputted intensity difference value on the selected duplication experiment DNA chip and the dye-swap experiment DNA chip is displayed(230).

Abstract translation: 提供了重复实验和染色互换实验的可靠性方法，找到有效基因，根据功能搜索EST和建立实验室引物信息的数据库及其记录介质，以通过对DNA芯片的基因信息进行分类来最小化用户操作 并构建数据库。 从分别分配到彼此不同的多个实验条件的多个DNA芯片（210）中选择用于重复实验和染色交换实验的DNA芯片（210）。 输入所选复制实验DNA芯片和染色交换实验DNA芯片之间的强度差值（220）。 显示大于所选复制实验DNA芯片和染料交换实验DNA芯片上输入的强度差值的斑点区域（230）。