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公开(公告)号：CN119541634A
公开(公告)日：2025-02-28
申请号：CN202411599910.6
申请日：2024-11-11
Applicant: 东北林业大学
IPC: G16B20/40 , C12Q1/6869 , C12Q1/6888 , C12N15/11 , G16B25/00 , G16B30/10 , G16B45/00
Abstract: 一种单独使用全基因组重测序数据进行杂交检测的方法，属于分子生物学技术领域。本发明为解决现有技术中杂交检测的方法存在高成本、准确率较低、需要纯父母本参考基因组信息的技术问题，提供了一种基于核线粒体DNA重测序数据检测杂交个体的方法，所述方法基于目标个体的全基因组重测序数据与核线粒体DNA片段，根据核线粒体DNA片段与其线粒体同源片段之间的遗传距离数据集所绘制的折线图进行杂交检测结果的判断。本发明提供的杂交个体的检测方法具有较高的准确性，规避了需要设计对父母本都有效的遗传标记的技术难题，以及无需检测目标个体的纯父母本参考基因组，降低了检测成本，扩大了适用范围。
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公开(公告)号：CN119446288A
公开(公告)日：2025-02-14
申请号：CN202411467387.1
申请日：2024-10-21
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 一种基于粪便DNA计算年龄的模型及构建方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过以粪便为材料解决了现有技术中所需材料不宜获的问题，并且本发明首次公开了一种mtDNA异质性位获得的方法，可以更精准捕捉目标mtDNA异质性位点。基于目标mtDNA异质性位点和机器学习构建了一套筛选与年龄相关的检测位点的方法学流程，并构建了一种基于粪便DNA中的mtDNA异质性位点计算年龄的模型，该模型主要应用于计算大型动物或野生动物年龄，该模型解决了现有技术中成本较高的问题。
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公开(公告)号：CN111154751B
公开(公告)日：2023-02-17
申请号：CN202010044705.9
申请日：2020-01-14
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12N15/10 , C12Q1/6806
Abstract: 一种高效的提取毛干中DNA的方法,属于分子生物学技术领域。为了提高毛干DNA回收效率，减少色素等污染物对下游实验的干扰，扩大毛干适用范围，本发明用1％SDS和4M NaOH溶液处理样本，然后按一定比例加入SDS、DTT、PK和Ca2+进行消化，随后用EDTA溶液螯合掉Ca2+和其他离子，提高毛发消化效率，最后利用磁珠对DNA的强吸附能力吸附DNA，再使用漂洗液A处理不同类型的发干，最终获得毛干中DNA。本发明方法获得的DNA经过一轮PCR，就可以检测到核基因组的目的片段,SNP和STR分型的成功率和正确率均较高。本发明适用于动物生态、法医鉴定等各种条件下人类和动物毛干DNA的提取。
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公开(公告)号：CN114990201A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210639547.0
申请日：2022-06-08
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12Q1/6851 , C12Q1/689 , C12Q1/6888 , G16B20/40 , G16B20/10 , G16B20/20 , G16B25/20 , G16B30/10 , G16B30/20
Abstract: 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。
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公开(公告)号：CN111154751A
公开(公告)日：2020-05-15
申请号：CN202010044705.9
申请日：2020-01-14
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12N15/10 , C12Q1/6806
Abstract: 一种高效的提取毛干中DNA的方法,属于分子生物学技术领域。为了提高毛干DNA回收效率，减少色素等污染物对下游实验的干扰，扩大毛干适用范围，本发明用1％SDS和4M NaOH溶液处理样本，然后按一定比例加入SDS、DTT、PK和Ca2+进行消化，随后用EDTA溶液螯合掉Ca2+和其他离子，提高毛发消化效率，最后利用磁珠对DNA的强吸附能力吸附DNA，再使用漂洗液A处理不同类型的发干，最终获得毛干中DNA。本发明方法获得的DNA经过一轮PCR，就可以检测到核基因组的目的片段,SNP和STR分型的成功率和正确率均较高。本发明适用于动物生态、法医鉴定等各种条件下人类和动物毛干DNA的提取。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN119082102A
公开(公告)日：2024-12-06
申请号：CN202411437636.2
申请日：2024-10-15
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 一种降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，属于分子生物学技术领域。本发明为解决现有技术中角化组织DNA提取过程中分型位点的丢失、稳定性低、出现错误结果的现象，提供了一种有效降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，所述方法可针对于不同类型的角化组织采用常规清洗DetW、酶解处理EnzW和碱除处理AlkW同的处理方案。本发明提供的降低角化DNA提取物中外源DNA污染的方法，有效降低了细菌DNA的比例，保证了内源性DNA的富集效率；适合所有类型的角化组织，提高了多种角化组织的可应用性，具有成本低廉，操作简单的优点。
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公开(公告)号：CN119943139A
公开(公告)日：2025-05-06
申请号：CN202510028577.1
申请日：2025-01-08
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 本发明提出了一种基于DNA甲基化异质性指标构建的表观遗传时钟计算模型及构建方法，属于生物信息学技术领域。本发明基于粪便中DNA甲基化异质性指标构建了一种表观遗传时钟计算模型，DNA甲基化异质性指标包括甲基化熵指标、表观多态性指标、不一致读取对比例指标和不一致读取对的定量比例指标，解决了现有技术中对野生动物或大型动物年龄估算方法存在材料获取困难、CpG位点检测困难和年龄估算方法较为复杂等问题。本发明提供的表观遗传时钟计算模型准确性更高、简便快捷。
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公开(公告)号：CN119446276A
公开(公告)日：2025-02-14
申请号：CN202411473531.2
申请日：2024-10-22
Applicant: 东北林业大学
Abstract: 本发明提出了一种表观遗传时钟计算模型及构建方法，属于生物信息学技术领域。本发明通过以东北虎为例，以其粪便为材料搭建DNA甲基化与年龄(月龄)的数学关系，提供了一种表观遗传时钟的计算模型剂构建方法，解决了现有技术中对大型动物(包括野生动物)计算年龄所需材料不易获取的问题。本发明的表观遗传时钟的计算模型应用于计算大型动物或野生动物的年龄，本发明所选取材料为粪便是非损伤、易获得的材料，并且本发明计算年龄的准确性高于传统方法中利用血液的计算方法。
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公开(公告)号：CN117721219A
公开(公告)日：2024-03-19
申请号：CN202311778967.8
申请日：2023-12-22
Applicant: 东北林业大学
IPC: C12Q1/6888 , C12N15/12 , C12N15/53 , C12Q1/686 , C12Q1/6869 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及野生动物物种鉴定领域，尤其涉及指基于线粒体DNA多区段扩增子高通量测序的通用性鉴定鸟类物种的分子标记、引物及其应用通用性鉴定鸟类物种的分子标记、引物及其应用，并评估该方法在单一鸟类样本和混合鸟类样本中的灵敏度和适用性；本发明在线粒体多个DNA条形码标记上设计引物，这些引物在鸟类中具有普遍适用性，并有助于在降解样本中识别鸟类，相较于现有的鉴定方法，该方法不仅可以对单一鸟类样本进行物种鉴定，并且可解决鸟类混合样本鉴定的问题，实现了高灵敏度、高通量、节省试剂和珍贵样本等特点。
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公开(公告)号：CN113186185B
公开(公告)日：2023-05-26
申请号：CN202010037073.3
申请日：2020-01-14
Applicant: 东北林业大学 , 深圳华大生命科学研究院
IPC: C12N15/10
Abstract: 一种从哺乳动物粪便中高效富集宿主DNA的方法，属于分子生物学技术领域。针对目前哺乳动物粪便样本提取DNA时，宿主DNA富集效率低、对陈旧粪便提取效果差、大量细菌DNA的残留严重干扰后续反应，而且成本居高不下等问题，本发明提供了一种从粪便中高效富集宿主DNA的方法，在提取前，对粪便样本进行SDS预处理：将粪便样本与10mmol/L磷酸缓冲液PBS溶液混合后，加入SDS溶液至终浓度为0.01％～5％(质量)混匀，在室温下静置1min～30min；然后离心取上清，从上清液中提取DNA。本发明成本低廉，不受样本数量的限制，拓展了粪便样本在动物研究和保护监测中的应用。
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