气单胞菌溶素纳米孔通道在生物磷酸化及相关酶分析中的应用

    公开(公告)号:CN111912892B

    公开(公告)日:2022-03-25

    申请号:CN201910375230.9

    申请日:2019-05-07

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种气单胞菌溶素纳米孔通道在生物磷酸化及相关酶分析中的应用。具体为构建气单胞菌溶素纳米孔通道,并在构建的气单胞菌溶素纳米孔通道的两端施加电压,将待测物或待测物相关探针分子加入检测池的一端,在电压的驱动下待测物穿过气单胞菌溶素纳米孔产生阻断电流信号及阻断电流时间,通过对阻断电流信号及阻断电流时间进行比较分析,获得待测分子相应的检测信息。本发明公开了气单胞菌溶素纳米孔通道的新用途,可以将其用于核酸、多肽、蛋白的磷酸化检测分析,不需要DNA马达蛋白,灵敏度高,检测方便,且可进一步实现对激酶、磷酸酶、酶抑制剂等多种酶的活性分析和定量分析,并可实现酶活的实时监测。

    突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用

    公开(公告)号:CN112481363A

    公开(公告)日:2021-03-12

    申请号:CN202011168144.X

    申请日:2020-10-28

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明涉及基因检测技术领域,具体涉及突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用。本发明人证实了使用突变Aerolysin纳米孔检测mRNA片段中的m6A修饰,可以从混合物中将甲基化与未甲基化的RNA链区分开。因此,本发明提供了一种方法表征靶标RNA以及RNA上的碱基修饰,其包括但不限于m6A,m1A,m7G,poly(A)尾,U尾,该方法包括:(a)利用CRISPR‑Cas13a和crRNA特异性识别包含碱基修饰的目标RNA序列,并利用RNA内切酶将长链RNA序列切割成短的包含修饰碱基的短RNA序列。修饰碱基在序列上的位置特定,如核苷酸长度为14,该RNA链从3’端数,第4/11/14个为修饰的碱基。

    一种蛋白质存储编码纠错方案

    公开(公告)号:CN114783530B

    公开(公告)日:2025-04-22

    申请号:CN202210527598.4

    申请日:2022-05-16

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明提出了一种蛋白质存储编码纠错方案,根据纳米孔道测序技术设置合适的数据存储格式,并将RS码应用于蛋白质存储系统中,根据需求选定编码所在的GF(2n)域以及校验信息的数据长度后,生成对应的地址信息、数据信息、校验信息后通过固相合成蛋白将信息存储在氨基酸序列之中。数据读取时,对蛋白质进行测序,并对RS码进行解码,当读取出的氨基酸发生错误时,在RS码的纠错能力范围内可以完成纠错,降低蛋白质存储系统的误码率。

    突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用

    公开(公告)号:CN112481363B

    公开(公告)日:2024-05-28

    申请号:CN202011168144.X

    申请日:2020-10-28

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明涉及基因检测技术领域,具体涉及突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用。本发明人证实了使用突变Aerolysin纳米孔检测mRNA片段中的m6A修饰,可以从混合物中将甲基化与未甲基化的RNA链区分开。因此,本发明提供了一种方法表征靶标RNA以及RNA上的碱基修饰,其包括但不限于m6A,m1A,m7G,poly(A)尾,U尾,该方法包括:(a)利用CRISPR‑Cas13a和crRNA特异性识别包含碱基修饰的目标RNA序列,并利用RNA内切酶将长链RNA序列切割成短的包含修饰碱基的短RNA序列。修饰碱基在序列上的位置特定,如核苷酸长度为14,该RNA链从3’端数,第4/11/14个为修饰的碱基。

    一种用于血管紧张素系列肽同时快速分析和实时定量监测的纳米孔道检测装置

    公开(公告)号:CN117110405A

    公开(公告)日:2023-11-24

    申请号:CN202310051967.1

    申请日:2023-02-02

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明提供了一种纳米孔道检测装置,以及使用该装置对生物样品进行检测的方法和用途。所述纳米孔道检测装置包括具有开孔的绝缘体、位于所述开孔中的磷脂膜或聚合物膜、由突变型气单胞菌溶素形成的穿过所述磷脂膜或聚合物膜的纳米孔道、分别位于绝缘体两侧的腔室、腔室中容纳的电解液、以及设置在腔室中的检测器。本申请开发的纳米孔道技术能够实现对一种或多种样品——例如一种或多种血管紧张素多肽——有效地进行定性或快速定量检测,并且在分辨率、灵敏度、捕获效率和基质兼容性等方面实现显著的改进。本申请开发的纳米孔道技术还能实现对一种或多种样品——例如一种或多种血管紧张素多肽———的动态变化进行实时定量监测。

    阵列化纳米孔道微电流信号并行测量装置

    公开(公告)号:CN116359483A

    公开(公告)日:2023-06-30

    申请号:CN202310347620.1

    申请日:2023-04-03

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种用于阵列化纳米孔道微电流信号并行测量装置,包括纳米孔道多路测量单元的选通装置、多路纳米孔道电流信号的放大及信号处理装置、多路纳米孔道电流信号的采集装置、FPGA控制芯片以及单片机。本发明能够实现阵列化纳米孔道微电流信号的高带宽放大、测量,并通过带宽补偿电路及高模数转换器高采样率,保证了信号采样带宽。本发明通过多路选通装置可定向或者轮询采集指定通道的纳米孔道微电流信号,可实现多通道纳米孔道检测体系的分组控制、轮询采样。本发明不仅可以应用于纳米孔道蛋白质分子测序中对微弱电流信号的采集与读出,也可推广用于其他微电流测量体系的检测,如离子通道药物筛选、单颗粒碰撞电化学检测等。

    一种纳米孔道单分子蛋白质测序仪

    公开(公告)号:CN112578106A

    公开(公告)日:2021-03-30

    申请号:CN202011169556.5

    申请日:2020-10-28

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明提供了一种纳米孔道单分子蛋白质测序仪,主要包括纳米孔道阵列化芯片系统、微电流检测系统以及数据处理与构建系统三部分;芯片主要包括氨基酸电性筛选芯片以及基于特异性纳米孔道的氨基酸序列读取芯片等,其设计原理是根据氨基酸的亲疏水性、极性、带电性等性质,设计系列具有氨基酸靶向识别的生物纳米孔道,逐一获得组成待测蛋白质的氨基酸的纳米孔道特征离子流信号;通过阵列化微电流测量系统,实现对每一个纳米孔道内蛋白质序列特征信息获取;进而,利用标准纳米孔道模型肽序列信息库进行氨基酸序列识别、校正、整合与读取,能够实现单个氨基酸的超高分辨,满足蛋白质测序的技术要求。

    聚合物信息存储介质及信息读取方法

    公开(公告)号:CN116741233A

    公开(公告)日:2023-09-12

    申请号:CN202310568886.9

    申请日:2023-05-19

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明公开了一种聚合物信息存储介质及信息读取方法,该聚合物信息存储介质包括磷酸酯骨架以及设置在磷酸酯骨架上的引导链、分隔单元以及信息存储单元;所述引导链设置在磷酸酯骨架的端部;所述分隔单元置于信息存储单元和引导链之间并分别与信息存储单元和引导链相连。本发明提供了一种存储更安全、读取效率更高以及更精准的聚合物信息存储介质及信息读取方法。

    一种蛋白质存储编码纠错方案

    公开(公告)号:CN114783530A

    公开(公告)日:2022-07-22

    申请号:CN202210527598.4

    申请日:2022-05-16

    Applicant: 南京大学

    Abstract: 本发明提出了一种蛋白质存储编码纠错方案,根据纳米孔道测序技术设置合适的数据存储格式,并将RS码应用于蛋白质存储系统中,根据需求选定编码所在的GF(2n)域以及校验信息的数据长度后,生成对应的地址信息、数据信息、校验信息后通过固相合成蛋白将信息存储在氨基酸序列之中。数据读取时,对蛋白质进行测序,并对RS码进行解码,当读取出的氨基酸发生错误时,在RS码的纠错能力范围内可以完成纠错,降低蛋白质存储系统的误码率。

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