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公开(公告)号：KR101703726B1
公开(公告)日：2017-02-08
申请号：KR1020100009477
申请日：2010-02-02
Applicant: 서울대학교산학협력단 , 숭실대학교산학협력단
Abstract: 본발명은단백질의활성부위에대한대표구조선정방법에관한것이다. 보다상세하게는, 본발명은 i) 활성부위의잔기를인식하고결합포켓의 3차원구조를생성하는단계; ii) 회전이성질체할당에의하여다수개의활성부위배좌체를생성하면서동시에입체적충돌을검사하여상기배좌체의수를최소화하는단계; iii) 상기 3차원구조와상기배좌체간의접촉을조사하여접촉배열을구하는단계; iv) 동일한접촉배열을갖는배좌체를제거하는단계; 그리고 v) 상기 iv)단계에서얻은배좌체들을군집화하고각 군집별로대표구조를선정하는단계를포함하는, 단백질의활성부위에대한대표구조선정방법에대한것이다.
Abstract translation: 目的：提供一种选择蛋白活性位点的代表性结构的方法，以快速有效地进行药物筛选，铅物质检测和对接。 构成：选择蛋白质活性位点的代表性结构的方法包括：识别活性位点的残基并产生结合口袋的三维结构的步骤; 测试立体影响的步骤，以减少构象异构体的数量; 检测三维结构与构象异构体之间的接触以获得接触布置的步骤; 除去具有相同接触装置的构象异构体的步骤; 以及对获得的构象异构体进行分组并选择代表性结构的步骤。
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公开(公告)号：KR1020110089951A
公开(公告)日：2011-08-10
申请号：KR1020100009477
申请日：2010-02-02
Applicant: 서울대학교산학협력단 , 숭실대학교산학협력단
Abstract: PURPOSE: A method for selecting a representative structure of protein active sites is provided to quickly and efficiently perform drug screening, lead material detection, and docking. CONSTITUTION: A method for selecting a representative structure of protein active sites comprises: a step of recognizing a residue of the active sites and generating three dimensional structure of a binding pocket; a step of testing stereo impact to minimize the number of conformers; a step of detecting contact between the three-dimensional structure and the conformers to obtain contact arrangement; a step of removing conformer having same contact arrangement; and a step of grouping the obtained conformers and selecting representative structure.
Abstract translation: 目的：提供一种选择蛋白活性位点的代表性结构的方法，以快速有效地进行药物筛选，铅物质检测和对接。 构成：选择蛋白质活性位点的代表性结构的方法包括：识别活性位点的残基并产生结合口袋的三维结构的步骤; 测试立体影响的步骤，以减少构象异构体的数量; 检测三维结构与构象异构体之间的接触以获得接触布置的步骤; 除去具有相同接触装置的构象异构体的步骤; 以及对获得的构象异构体进行分组并选择代表性结构的步骤。
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公开(公告)号：KR1020160078537A
公开(公告)日：2016-07-05
申请号：KR1020140187713
申请日：2014-12-24
Applicant: 서울대학교산학협력단
CPC classification number: G06F19/18 , G06F19/24 , Y10S707/99943
Abstract: 본발명은단백질의리간드결합부위를예측하는방법에관한것으로, 단백질내 빈공간들을단백질의잔기원자들의위치를출발점으로하여단백질표면과같은높이까지만채우도록모조원자들의위치를계산하고; 생성된모조원자들의밀도를바탕으로하는군집화를통해리간드결합부위로가능한모조원자들의클러스터를도출하고; 모조원자클러스터를구성하는모조원자의상호작용하는단백질잔기들의특성값과모조원자를둘러싸는단백질원자개수의통계값을조합한함수로총점을계산하고; 계산된총점으로순위를매겨단백질의리간드결합부위를예측하는일련의방법으로구성되며, 기존의단백질리간드결합부위예측방법들에비해보다정확하게예측할 수있다.
Abstract translation: 本发明涉及一种预测蛋白质配体结合部位的方法。 预测蛋白质配体结合部位的方法包括：计算模拟原子的位置，以从蛋白质的剩余原子的位置到蛋白质表面的相同高度填充蛋白质内的空白空间; 通过基于所产生的仿制原子的密度对生成的仿制原子进行分组，扣除可以作为配体结合位点的模拟原子簇; 使用与将形成仿制原子簇的仿制原子相互作用的蛋白质的剩余原子的特征值与围绕该仿制原子的蛋白质原子数的统计值相结合的函数计算总分数; 并通过将排名与计算总分进行比较来预测蛋白质的配体结合位点。 根据本发明，该方法可以比现有方法更准确地预测蛋白质的配体结合位点，以预测蛋白质的配体结合位点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：KR1020120099922A
公开(公告)日：2012-09-12
申请号：KR1020110018447
申请日：2011-03-02
Applicant: 서울대학교산학협력단
IPC: G06F19/16
Abstract: PURPOSE: A protein-ligand docking method using a three dimensional molecular arrangement method is provided to rapidly and accurately predict a protein-compound combination structure by simultaneously considering the residue of a protein activation part and the flexibility of a compound. CONSTITUTION: An imitation atom is computed from the top location of protein activation residue using a geometric calculation method and deducts ligand to a group of the imitation atom. The imitation ligand and the three dimensional arrangement of the compound are executed. A protein-compound combination structure is predicted using the protein residue of the activated parts and by minimizing binding energy. [Reference numerals] (AA) Imitation ligand; (BB) Three dimensional numerator arrayal; (CC) Compound; (DD) Binding energy minimization
Abstract translation: 目的：提供使用三维分子排列方法的蛋白质 - 配体对接方法，通过同时考虑蛋白质活化部分的残基和化合物的柔性来快速和准确地预测蛋白质 - 化合物组合结构。 构成：使用几何计算方法从蛋白质活化残基的顶部位置计算仿制原子，并将配体扣除到一组仿制原子。 执行仿配体和化合物的三维排列。 使用活化部分的蛋白质残基并通过最小化结合能来预测蛋白质 - 化合物组合结构。 （AA）仿配体; （BB）三维分子阵列; （CC）化合物; （DD）结合能量最小化
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公开(公告)号：KR101745717B1
公开(公告)日：2017-06-09
申请号：KR1020100005628
申请日：2010-01-21
Applicant: 서울대학교산학협력단
Inventor： 신환철
Abstract: 본발명은분자에 3차원정렬방법에관한것이다. 보다상세하게는, 본발명은 (A) 표본분자의종자배좌체를생성하는단계; (B) 상기종자배좌체로부터초기배열을생성한후 상기초기배열에대하여강체최적화를수행하는단계; 그리고 (C) 상기강체최적화를통하여얻은배열에대하여상기표본분자의회전, 병진및 배좌파라미터들을변화시키면서하기식 (I)의목적함수()를극대화시키는과정을통하여연성정렬을수행하는단계를포함하는, 분자의 3차원정렬방법에대한것으로서,···(I) 상기식 (I)에서는유사도지수(또는정렬점수)이고;는다음식 (IV) 또는식 (V)로서정의되는에너지페널티함수이다.
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公开(公告)号：KR101657821B1
公开(公告)日：2016-09-20
申请号：KR1020140187713
申请日：2014-12-24
Applicant: 서울대학교산학협력단
Abstract: 본발명은단백질의리간드결합부위를예측하는방법에관한것으로, 단백질내 빈공간들을단백질의잔기원자들의위치를출발점으로하여단백질표면과같은높이까지만채우도록모조원자들의위치를계산하고; 생성된모조원자들의밀도를바탕으로하는군집화를통해리간드결합부위로가능한모조원자들의클러스터를도출하고; 모조원자클러스터를구성하는모조원자의상호작용하는단백질잔기들의특성값과모조원자를둘러싸는단백질원자개수의통계값을조합한함수로총점을계산하고; 계산된총점으로순위를매겨단백질의리간드결합부위를예측하는일련의방법으로구성되며, 기존의단백질리간드결합부위예측방법들에비해보다정확하게예측할 수있다.
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公开(公告)号：KR101273732B1
公开(公告)日：2013-06-13
申请号：KR1020110018447
申请日：2011-03-02
Applicant: 서울대학교산학협력단
IPC: G06F19/16
Abstract: 본 발명은 단백질 활성부위에 해당하는 모조 리간드와 화합물 간의 3차원 분자정렬 및 결합 에너지 최소화를 통한 단백질-화합물 결합 구조 (혹은 단백질-리간드 도킹 구조)를 예측하는 방법에 관한 것으로, 단백질 활성부위에 있는 잔기와 상호 작용 할 수 있는 모조 원자의 최적 위치와 상보적 전하량을 계산을 통해 얻고 그 모조 원자들의 집합으로 단백질 활성부위에 해당하는 모조 리간드를 도출하고; 도출된 모조리간드와 화합물 간의 유사도 지수를 목적 함수로 하는 3차원 분자정렬을 수행하고; 정렬된 화합물과 단백질 활성부위의 잔기 간의 결합 에너지를 최소화하여 단백질-화합물 결합 구조를 예측하는 일련의 방법으로 구성되며, 기존의 도킹 방법들에 비해 화합물의 유연성은 물론 단백질 분자의 유연성까지 효율적으로 고려할 수 있어서 보다 정확한 구조를 예측할 수 있다.
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公开(公告)号：KR1020110085706A
公开(公告)日：2011-07-27
申请号：KR1020100005628
申请日：2010-01-21
Applicant: 서울대학교산학협력단
Inventor： 신환철
Abstract: PURPOSE: A 3D alignment method of molecule is provided to have high accuracy by using only 3D texture information of molecule, and to be objective since parameters which controls every samples are unnecessary. CONSTITUTION: The 3D alignment method of molecule includes the steps of: producing the seed conformational of the sample molecule(A); performing rigid body optimization after creating the initial arrangement from the seed conformational(B); ductility queue diversifying rotation of the sample molecule, and translate and conformational parameters about the arrangement obtainied from the rigid body optimization(C).
Abstract translation: 目的：通过仅使用分子的3D纹理信息，提供分子的3D对准方法以具有高精度，并且由于不需要控制每个样品的参数，因此是客观的。 构成：分子的3D取向方法包括以下步骤：产生样品分子（A）的种子构象; 从种子构象（B）创建初始排列后进行刚体优化; 延展性队列使样本分子的旋转多样化，以及关于从刚体优化（C）获得的布置的平移和构象参数。
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