公开(公告)号：KR100614826B1

公开(公告)日：2006-08-25

申请号：KR1020040031858

申请日：2004-05-06

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  김병희

IPC: C12Q1/68

Abstract: 본 발명은 인간의 DNA상에서 유전자의 발현을 조절하는 프로모터의 핵심 영역을 예측하는, 신경망 기반의 핵심 프로모터 영역의 예측방법에 대한 것이다. 본 발명은, 인간의 DNA서열을 입력받아 슬라이딩 윈도우 방식으로 DNA서열을 분석하고, 분석된 상기 DNA서열 중 일정한 길이의 윈도우 내에 포함된 DNA서열 프로모터에 분할모델을 적용하여 인접 프로모터 영역, 다운스트림 프로모터 영역, 핵심프로모터로 구분하는 DNA서열 입력/분할모델 적용단계와; 인접 프로모터 영역, 다운스트림 프로모터 영역, 핵심프로모터를 이에 해당되는 PWM(Position weight matrix)을 이용하여 특성값을 추출하는 특성값 추출단계와; 추출된 특성값들을 미리 학습해 둔 신경망에 입력하여 핵심 프로모터 여부를 판별하는 프로모터 분류단계 및 핵심 프로모터로 분류된 핵심 프로모터에서 전사시작지점(TSS)을 지정된 규칙에 따라 예측하는 전사시작지점 예측단계를 포함하는 것을 특징으로 한다.
프로모터, 핵심 프로모터, 프로모터 예측, 전사시작지점, TSS

公开(公告)号：KR1020050106816A

公开(公告)日：2005-11-11

申请号：KR1020040031858

申请日：2004-05-06

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  김병희

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: G06F19/10 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2531/113

Abstract: 본 발명은, 인간의 DNA서열을 입력받아 5'에서 3'방향으로 슬라이딩 윈도우를 이동시켜가면서 윈도우에 대해 프로모터에 대한 분할모델을 적용하여 네 개의 핵심 프로모터 요소인 INR, TATA 박스, GC 박스, CAAT 박스 및 인접 프로모터 영역, 다운스트림 프로모터 영역으로 구분하는 DNA서열 입력/분할모델 적용단계와; 각 영역별로 해당되는 PWM을 이용하여 특성값을 추출하는 특성값 추출단계와; 생성된 특성값들을 학습해 둔 신경망에 입력하여 핵심 프로모터 여부를 판별하는 프로모터 분류단계와; 예측된 핵심 프로모터에서 전사시작지점(TSS)를 지정된 규칙에 따라 예측하는 전사시작지점 예측단계;를 갖는 신경망 기반의 핵심 프로모터 영역의 예측방법을 제공한다.