公开(公告)号：KR1020050106935A

公开(公告)日：2005-11-11

申请号：KR1020040032005

申请日：2004-05-06

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  남진우 ,  신기루

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: G06F19/22 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  G06F19/24 ,  G06F19/10

Abstract: 본 발명은 양방향 은닉 마코프 모델을 이용한 완숙한 microRNA 위치예측방법 및 이를 구현하기 위한 컴퓨터 프로그램을 기록한 저장매체에 관한 것으로서, 상기 microRNA 전구체를 구성하는 염기쌍을 일치(match), 불일치(mismatch), 돌출(bulge) 중의 어느 하나의 상태정보로 표시하는 단계와; 상기 염기쌍에 대한 염기쌍 발산 심볼을 표시하는 단계와; 상태 s가 심볼 q를 발산할 확률(E
s (q))과 상태 a에서 b로 전이할 확률(T
ab )을 이용하여 상기 microRNA의 Viterbi 확률(P)을 계산하는 단계와; i 번째 염기쌍이 참(true)일 Viterbi 확률(P
t (i))과 거짓(false)일 Viterbi 확률(P
f (i))을 각각 계산하는 단계와; 상기 Viterbi 확률을 이용하여 완숙한 microRNA의 위치확률(S(i))을 계산하는 단계;를 포함하며, 상기 완숙한 microRNA의 위치확률(S(i))이 소정의 값 이상이면, 상기 위 염기쌍이 있는 위치를 성숙된 microRNA의 위치로 결정하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따르면 학습시간이 짧고, 탐색시간도 훨씬 단축할 수 있으면서도 높은 효율을 나타내는 완숙한 microRNA 위치예측방법을 제공할 수 있으며, 또한 microRNA 유전자의 동정 뿐 아니라 완숙한 microRNA의 위치를 동시에 예측해서 알려 주기 때문에 훨씬 많은 정보를 제공할 수 있는 효과가 있다.

公开(公告)号：KR100614827B1

公开(公告)日：2006-08-25

申请号：KR1020040032005

申请日：2004-05-06

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  남진우 ,  신기루

IPC: C12Q1/68

CPC classification number: G06F19/22 ,  C12N15/111 ,  C12N2310/14 ,  C12N2320/11 ,  G06F19/24

Abstract: 본 발명은 양방향 은닉 마코프 모델을 이용한 완숙한 microRNA 위치예측방법 및 이를 구현하기 위한 컴퓨터 프로그램을 기록한 저장매체에 관한 것으로서, 상기 microRNA 전구체를 구성하는 염기쌍을 일치(match), 불일치(mismatch), 돌출(bulge) 중의 어느 하나의 상태정보로 표시하는 단계와; 상기 염기쌍에 대한 염기쌍 발산 심볼을 표시하는 단계와; 상태 s가 심볼 q를 발산할 확률(E
s (q))과 상태 a에서 b로 전이할 확률(T
ab )을 이용하여 상기 microRNA의 Viterbi 확률(P)을 계산하는 단계와; i 번째 염기쌍이 참(true)일 Viterbi 확률(P
t (i))과 거짓(false)일 Viterbi 확률(P
f (i))을 각각 계산하는 단계와; 상기 Viterbi 확률을 이용하여 완숙한 microRNA의 위치확률(S(i))을 계산하는 단계;를 포함하며, 상기 완숙한 microRNA의 위치확률(S(i))이 소정의 값 이상이면, 상기 위 염기쌍이 있는 위치를 성숙된 microRNA의 위치로 결정하는 것을 특징으로 한다.
본 발명에 따르면 학습시간이 짧고, 탐색시간도 훨씬 단축할 수 있으면서도 높은 효율을 나타내는 완숙한 microRNA 위치예측방법을 제공할 수 있으며, 또한 microRNA 유전자의 동정 뿐 아니라 완숙한 microRNA의 위치를 동시에 예측해서 알려 주기 때문에 훨씬 많은 정보를 제공할 수 있는 효과가 있다.
microRNA, 은닉 마코프 모델, Viterbi 확률, 전구체