公开(公告)号：KR1020040099646A

公开(公告)日：2004-12-02

申请号：KR1020030031692

申请日：2003-05-19

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  양진산

IPC: C12Q1/68

Abstract: PURPOSE: Self-organizing latent lattice(SOLL) models for temporal gene expression profiling are provided, thereby analyzing correlation between genes through the temporal gene expression profiling of related genes each other. CONSTITUTION: The method for analysis of correlation between genes from the temporal gene expression profiling comprises the steps of: (1) projecting the high-dimensional data of y(t)=(y_{1}, y_{2}, y_{3}, y_{4}) onto the two-dimensional node xi using self-organizing map(SOM), selecting the closest point to the different input data out of the projected prototype data z as a winner, regulating the prototype data according to the winner, and improving the posterior distribution of the latent lattice using the prototype data to image the high-dimensional data on the two-dimensional plane(step E); and (2) improving the model parameter using the posterior density of the latent lattice, minimizing an error, and projecting the prototype data onto the latent area to make data from the latent lattice(step M), wherein the basis function set and lattice size is predetermined; and y_{1}=la_{t}-b_{t}l, y_{2}=l(a_{t}-a_{t-1})-(b_{t}-b_{t-1})l, y_{3}=l(a_{t+1}-a_{t})-(b_{t+1}-b_{t})l, and y_{4}=l(a_{t-1}-a_{t-2})-(b_{t-1}-b_{t-2})l when the expression value of genes A and B at time t is a_{t} and b_{t}, respectively.

Abstract translation: 目的：提供用于时间基因表达谱的自组织潜在晶格（SOLL）模型，从而通过相关基因的时间基因表达谱分析基因之间的相关性。 构成：用于分析来自时间基因表达谱的基因之间的相关性的方法包括以下步骤：（1）投影y（t）=（y_ {1}，y_ {2}，y_ {3）的高维数据 }，y_ {4}）到使用自组织映射（SOM）的二维节点xi上，从投影的原型数据z中选择与不同输入数据最近的点作为赢家，根据 获得者，并使用原型数据改善潜在晶格的后验分布，以对二维平面上的高维数据进行成像（步骤E）; （2）使用潜在晶格的后验密度改善模型参数，最小化误差，并将原型数据投影到潜在区域上以从潜在晶格（步骤M）获得数据，其中基函数集和晶格尺寸 是预定的 并且y_ {1} = la_ {t} -b_ {t} l，y_ {2} = 1（a_ {t} -a_ {t-1}） - （b_ {t} -b_ {t-1}） 1，y_ {3} = 1（a_ {t + 1} -a_ {t}） - （b_ {t + 1} -b_ {t}）l和y_ {4} = 1（a_ { 当a和b在时间t的表达值分别为a_ {t}和b_ {t}时，在-a_ {t-2}） - （b_ {t-1} -b_ {t-2} 。

公开(公告)号：KR100566560B1

公开(公告)日：2006-03-31

申请号：KR1020030031692

申请日：2003-05-19

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  양진산

IPC: C12Q1/68

Abstract: 본 발명은 둘 이상의 유전자의 시계열적 발현 데이터로부터, 더욱 바람직하게는 DNA 마이크로어레이를 통해 수득된 둘 이상의 유전자의 시계열적 발현 데이터로부터, 특정 유전자가 다른 특정 유전자를 활성화시키거나 억제시키는 상관관계 등의 유전자 사이의 상관관계(correlation)를 분석하는 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 방법은 SOM(self-organization maps)의 위상적 분석력 및 GTM의 확률적 은닉변수 모형의 재생 특성(generative property)을 결합한 새로운 확률적 은닉격자 모형(Self-Organizing Latent Lattice Model; SOLL Model)을 이용함을 특징으로 한다.
DNA 마이크로어레이 데이터, 유전자들의 상관관계, 가시화, 은닉변수 모형, 은닉격자, 시간적 발현