公开(公告)号：KR1020050106819A

公开(公告)日：2005-11-11

申请号：KR1020040031861

申请日：2004-05-06

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  정제균 ,  오석준

IPC: G06Q50/22 ,  G06F19/28 ,  G06F19/24

CPC classification number: G06Q50/22 ,  G06F19/24 ,  G06F19/28

Abstract: 본 발명은 인유두종바이러스의 위험군 분류방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 기 정의된 인유두종바이러스의 고위험군의 단백질서열과 저위험군의 단백질서열을 분류하는 단계와; 은닉마코프모델을 이용하여 최대분류지역을 검색하여 학습데이터를 생성하는 단계와; 상기 생성된 학습데이터를 스트링커널기반의 에스브이엠(Support Vector Machines)에 입력하여 학습시키는 단계와; 새로운 데이터를 상기 에스브이엠에 입력하여 상기 새로운 데이터의 고위험군 또는 저위험군 여부를 판별하는 단계를 갖는 인유두종바이러스의 위험군 분류방법에 관한 것이다.

公开(公告)号：KR1020050022133A

公开(公告)日：2005-03-07

申请号：KR1020030060424

申请日：2003-08-29

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  남진우 ,  정제균

IPC: G06N3/08 ,  G06F19/24

Abstract: PURPOSE: A computerized method for dynamically identifying an ncRNA(non-coding Ribonucleic Acid) sequence using a genetic programming technology is provided to quickly select only the miRNA(micro RNA) precursor or miRNA from a large quantity of genetic data with high peculiarity. CONSTITUTION: An initial group including a function tree is randomly generated. All function trees are transformed into structural grammar. All structural grammars are estimated through RNA motif search by using a positive data set and a negative data set. Peculiarity, sensitivity, and complexity are calculated from all structural grammars. The structural grammar having the fitness is transformed into the function tree. The selected function tree is modified through mutation and crossover. Next generation function tree having modification is generated and a fitness object is selected. Until the function tree having the fitness, the peculiarity, and the complexity is generated, previous steps are repeated.

Abstract translation: 目的：提供使用遗传编程技术动态鉴定ncRNA（非编码核糖核酸）序列的计算机化方法，从高特异性的大量遗传数据快速选择miRNA（微RNA）前体或miRNA。 构成：随机生成包含函数树的初始组。 所有功能树都转化为结构语法。 通过使用正数据集和负数据集通过RNA图案搜索来估计所有结构语法。 所有结构语法都计算出特征，灵敏度和复杂性。 具有适应度的结构语法被转换为函数树。 所选功能树通过突变和交叉进行修改。 生成具有修改的下一代功能树，并选择健身对象。 直到生成具有适应度，特性和复杂度的功能树，才重复先前的步骤。

公开(公告)号：KR100504039B1

公开(公告)日：2005-07-27

申请号：KR1020030060424

申请日：2003-08-29

Applicant: 재단법인서울대학교산학협력재단

Inventor： 장병탁 ,  남진우 ,  정제균

IPC: G06N3/08 ,  G06F19/24

Abstract: 본 발명은 진화 알고리즘의 하나인 유전자 프로그래밍 기법을 이용하는 ncRNA (비코딩 RNA), 특히 miRNA 의 컴퓨터적 동정 방법에 관한 것으로, 더욱 구체적으로 본 발명에 따른 ncRNA, 특히 miRNA 의 컴퓨터적 동정 방법은 ncRNA, 특히 miRNA 인 것으로 공지된 포지티브 데이터 세트 및 ncRNA, 특히 miRNA 가 아닌 것으로 공지된 네거티브 데이터 세트로 이루어진 데이터 세트로부터 폴스 네거티브(false-negative) 결과를 생성하지 않는 함수 트리와 이로부터 전환된 RNA 공통구조문법을 유전자 프로그래밍(genetic programming)으로 진화적으로 학습시켜 생성된 최적의 함수 트리 또는 RNA 공통구조문법(RCSG)에, 공지되지 않은 서열을 적용하여, 상기 비공지 서열이 ncRNA, 특히 miRNA 인지의 여부를 확인하는 것을 포함함을 특징으로 한다. 또한, 본 발명에 따른 방법은 miRNA 뿐만 아니라, 일반적으로 ncRNA를 모두 예측할 수 있는 방법으로서 사용될 수 있다.