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公开(公告)号：CN111304217B
公开(公告)日：2020-11-10
申请号：CN202010179836.8
申请日：2020-03-13
Abstract: 本发明公开一种毛果杨着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：通过对毛果杨着丝粒DNA高通量测序数据的生物信息学分析，筛选出一种着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列。依据该序列设计引物，以毛果杨基因组DNA为模板，经PCR扩增、切胶回收获得目的片段。通过探针标记、染色体制片、荧光原位杂交验证了该序列位于着丝粒区。本发明提供的着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列不仅可以准确标记杨树着丝粒的位置，以构建高质量核型图，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础，在杨树分子细胞遗传学及基因组学研究领域具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111410683A
公开(公告)日：2020-07-14
申请号：CN202010163329.5
申请日：2020-03-10
Applicant: 南京林业大学
IPC: C07K14/415 , C07K16/16 , C07K16/06 , G01N33/68 , G01N33/53
Abstract: 本发明公开杨树功能着丝粒组蛋白CENH3的抗原多肽及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：筛选毛果杨CENH3蛋白特异的一段氨基酸序列并人工合成多肽，用该多肽免疫新西兰兔，制备抗血清，亲和纯化后得到CENH3蛋白抗体；抗体通过免疫荧光检测、ChIP-FISH进行特异性验证，证明了该抗体可以准确识别功能着丝粒。该抗体可以在杨属树种中通用，不仅可以准确标记杨树功能着丝粒的位置，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础。本发明在杨树分子细胞遗传学、基因组学及表观组学等研究领域具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111218499A
公开(公告)日：2020-06-02
申请号：CN202010106601.6
申请日：2020-02-20
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6841
Abstract: 本发明公开一种基于冰冻切片的杨树根尖3D荧光原位杂交方法，属于分子细胞遗传学领域。本方法包括：获取杨树根尖，用卡诺固定液固定后水洗，再用包埋剂将其包埋并冷冻后切片，将切片粘附到载玻片上，随后经过烤片、变性、杂交、抗体检测等FISH步骤，最后在激光共聚焦显微镜下观察并捕获3D图像。本发明提供的方法可以获得根尖完整的组织结构且FISH信号清晰，相比传统制片方法获得的2D FISH结果，本发明的方法可以在三维水平直观展示染色体在细胞中的真实空间占位，以及在三维水平准确定位靶序列在细胞中的空间分布，可应用于杨树的染色体空间占位、基因表达及Hi-C测序结果的分析等领域，具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN117419988A
公开(公告)日：2024-01-19
申请号：CN202311358594.9
申请日：2023-10-19
Applicant: 南京林业大学
IPC: G01N1/30 , C12Q1/6841
Abstract: 本发明公开了一种胡桃楸染色体的制片方法及应用，属于细胞遗传学技术领域。本发明的胡桃楸染色体的制片方法，将胡桃楸材料进行预处理；将预处理后的胡桃楸材料置于卡诺固定液中进行固定；从固定后的胡桃楸材料中剥出花药进行酶解；将酶解后的胡桃楸花药漂洗、制成悬液并涂片即得到胡桃楸的染色体制片。荧光原位杂交(FISH)结果表明，本发明获得的染色体制片适用于FISH实验。本发明材料易获取，而且操作方法容易掌握，更易获得高质量的染色体制片；适用于胡桃楸的分子细胞遗传学相关研究，为其它花药数量多的植物获取高质量染色体制片提供参考，具有广阔的应用前景。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN111235231A
公开(公告)日：2020-06-05
申请号：CN202010090059.X
申请日：2020-02-12
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6841
Abstract: 本发明公开一种基于石蜡切片的杨树根尖3D荧光原位杂交方法，属于分子细胞遗传学领域。本方法主要包括：获取杨树幼嫩根尖，用卡诺固定液固定；正丁醇梯度溶液脱水、浸蜡、包埋；切片、展片、烤片及脱蜡；制片用果胶酶、纤维素酶、胃蛋白酶及RNA酶处理；制片及探针变性、杂交过夜；二抗孵育后检测杂交信号。本发明所提供的方法可以获得杨树根尖石蜡切片清晰的FISH信号，使用激光共聚焦显微镜捕获的3D图像可以准确反映靶序列在细胞中三维水平的空间分布。本发明的方法可用于杨树的染色体空间占位、基因表达及Hi-C测序结果的分析等研究领域，具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111218499B
公开(公告)日：2021-01-26
申请号：CN202010106601.6
申请日：2020-02-20
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6841
Abstract: 本发明公开一种基于冰冻切片的杨树根尖3D荧光原位杂交方法，属于分子细胞遗传学领域。本方法包括：获取杨树根尖，用卡诺固定液固定后水洗，再用包埋剂将其包埋并冷冻后切片，将切片粘附到载玻片上，随后经过烤片、变性、杂交、抗体检测等FISH步骤，最后在激光共聚焦显微镜下观察并捕获3D图像。本发明提供的方法可以获得根尖完整的组织结构且FISH信号清晰，相比传统制片方法获得的2D FISH结果，本发明的方法可以在三维水平直观展示染色体在细胞中的真实空间占位，以及在三维水平准确定位靶序列在细胞中的空间分布，可应用于杨树的染色体空间占位、基因表达及Hi‑C测序结果的分析等领域，具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111410683B
公开(公告)日：2020-12-04
申请号：CN202010163329.5
申请日：2020-03-10
Applicant: 南京林业大学
IPC: C07K14/415 , C07K16/16 , C07K16/06 , G01N33/68 , G01N33/53
Abstract: 本发明公开杨树功能着丝粒组蛋白CENH3的抗原多肽及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：筛选毛果杨CENH3蛋白特异的一段氨基酸序列并人工合成多肽，用该多肽免疫新西兰兔，制备抗血清，亲和纯化后得到CENH3蛋白抗体；抗体通过免疫荧光检测、ChIP‑FISH进行特异性验证，证明了该抗体可以准确识别功能着丝粒。该抗体可以在杨属树种中通用，不仅可以准确标记杨树功能着丝粒的位置，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础。本发明在杨树分子细胞遗传学、基因组学及表观组学等研究领域具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111304217A
公开(公告)日：2020-06-19
申请号：CN202010179836.8
申请日：2020-03-13
Abstract: 本发明公开一种毛果杨着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列及其应用，属于生物信息学和分子细胞遗传学领域。该发明主要包括：通过对毛果杨着丝粒DNA高通量测序数据的生物信息学分析，筛选出一种着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列。依据该序列设计引物，以毛果杨基因组DNA为模板，经PCR扩增、切胶回收获得目的片段。通过探针标记、染色体制片、荧光原位杂交验证了该序列位于着丝粒区。本发明提供的着丝粒特异的LINE型反转录转座子序列不仅可以准确标记杨树着丝粒的位置，以构建高质量核型图，也为开展杨树着丝粒的结构、功能及进化研究奠定基础，在杨树分子细胞遗传学及基因组学研究领域具有广阔的应用前景。
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公开(公告)号：CN111235231B
公开(公告)日：2020-12-22
申请号：CN202010090059.X
申请日：2020-02-12
Applicant: 南京林业大学
IPC: C12Q1/6841
Abstract: 本发明公开一种基于石蜡切片的杨树根尖3D荧光原位杂交方法，属于分子细胞遗传学领域。本方法主要包括：获取杨树幼嫩根尖，用卡诺固定液固定；正丁醇梯度溶液脱水、浸蜡、包埋；切片、展片、烤片及脱蜡；制片用果胶酶、纤维素酶、胃蛋白酶及RNA酶处理；制片及探针变性、杂交过夜；二抗孵育后检测杂交信号。本发明所提供的方法可以获得杨树根尖石蜡切片清晰的FISH信号，使用激光共聚焦显微镜捕获的3D图像可以准确反映靶序列在细胞中三维水平的空间分布。本发明的方法可用于杨树的染色体空间占位、基因表达及Hi‑C测序结果的分析等研究领域，具有广阔的应用前景。
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