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公开(公告)号：CN106599607B
公开(公告)日：2018-12-04
申请号：CN201611143308.7
申请日：2016-12-13
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/12
Abstract: 本发明提供了一种光合通路基因调控网络的构建方法，包括以下步骤：1)获得物种的光合通路基因的SNP数据；2)对物种的表型性状测定，得到表型数据；3)利用所述步骤1)得到的SNP数据和所述步骤2)得到的表型数据进行基因位点间的上位性模式检测，确定两两基因间的相互作用关系；4)验证所述步骤3)得到基因间的相关性；5)以所述步骤3)得到具有相关性的基因为候选基因，构建基因调控网络；所述步骤1)和步骤2)之间没有时间顺序限制。本发明提供的构建方法综合考虑基因位点变异及生物群体表型，通过计算位点间上位性，更精确地构建基因调控网络，并且对光合作用机理的研究及其改良具有重要的理论意义和实用价值。
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公开(公告)号：CN108517367A
公开(公告)日：2018-09-11
申请号：CN201710230163.2
申请日：2017-04-10
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895
Abstract: 本发明公开了确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能的方法，其包括以下步骤：分别获得同一林木个体的维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA；分别针对所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的总RNA，进行cDNA文库构建及测序；基于测序结果进行lncRNA预测和注释；基于所述维管形成层、未成熟木质部和成熟木质部的lncRNA表达量，进行组织特异性表达分析，以便确定具有组织特异性的lncRNA；将所述具有组织特异性的lncRNA进行序列元件motif预测，以便确定具有组织特异性的lncRNA的motif；以及对具有组织特异性的lncRNA的motif进行功能分析。利用该方法能够有效确定林木次生生长过程中关键lncRNA及其功能，对于进一步挖掘lncRNA在林木次生生长过程中的调控作用意义重大。
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公开(公告)号：CN108504758A
公开(公告)日：2018-09-07
申请号：CN201710365480.5
申请日：2017-05-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895
Abstract: 本发明提出了预测杨树的生物量和木材品质性状的方法、杨树选育方法、用于预测杨树的生物量和木材品质性状的试剂盒、用于预测杨树的生物量和木材品质性状的设备、杨树选育系统、预定位点的基因型在预测杨树的生物量和木材品质性状中的用途以及确定预定位点的方法。所述预测杨树的生物量和木材品质性状的方法包括：(1)确定所述杨树预定位点的基因型以及(2)基于所述预定位点的基因型，预测所述杨树的生物量和木材品质性状。由此，本发明的预测杨树的生物量和木材品质性状的方法能够预测出杨树的生物量和木材品质性状，选育出优质杨树，缩短育种周期。
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公开(公告)号：CN108504757A
公开(公告)日：2018-09-07
申请号：CN201710245598.4
申请日：2017-04-14
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895
Abstract: 本发明提出一种探究参与林木miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间调控机制的方法。该方法包括：(1)获得参与miRNAs生物形成通路的基因；(2)获得miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs的SNP基因型；(3)利用epiSNP软件检测目的基因间的上位性模式；(4)利用RT-qPCR技术对基因间的上位性效应进行验证。根据本发明实施例的探究参与林木miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs之间调控机制的方法，能够从群体遗传学的角度探究miRNAs生物形成通路的基因与miRNAs的调控机制，与传统的转基因方法相比，具有更加简便、快捷，覆盖范围更广的优势，填补了本研究领域在快速获取miRNAs相关基因间调控作用方面的空白。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN106845152A
公开(公告)日：2017-06-13
申请号：CN201710064216.8
申请日：2017-02-04
Applicant: 北京林业大学
Inventor： 张德强
CPC classification number: C12Q1/6858 , G16B30/00 , C12Q2525/191 , C12Q2523/125 , C12Q2531/113 , C12Q2539/113
Abstract: 本发明提供了一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法，包括以下步骤：1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序，获得父母本和子代样本基因组序列；2)将父母本和子代样本基因组序列与参考基因组比对获得比对结果，确定待测胞嘧啶位点；3)将比对结果进行染色体坐标排序、reads去重复处理，再通过GATK2‑V3.2对已知胞嘧啶位点上下游5～10bp的序列进行Call SNPs，从而区分子代等位基因序列；4)将已获得的被区分过子代等位基因序列与父母本基因组序列比对，完成胞嘧啶表观基因型分型。本发明首次完成了基因组胞嘧啶位点表观基因型分型，技术成熟，成本低，易于操作与推广应用。
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公开(公告)号：CN106755534A
公开(公告)日：2017-05-31
申请号：CN201710115547.X
申请日：2017-03-01
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/68
Abstract: 本发明提供了一种植物DNA甲基化组织特异性的获取方法，包括以下步骤：提取植物组织基因组DNA；酶切连接得到连接产物；对连接产物进行PCR预扩增；将得到的PCR预扩增产物稀释后，加入筛选引物进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；电泳检测，统计DNA条带，将(1,0)记为H，(0,1)记为M，(0,0)和(1,1)记为N，对统计结果赋值，使H＝M＝1，N＝0；根据赋值，利用公式1得到DNA甲基化片段的组织特异性：利用公式2得到DNA甲基化片段组织特异性的偏好性。采用本发明的技术方案实现了植物组织DNA甲基化特异性的定量分析，为后续的组织特异性的DNA甲基化调控基因表达研究提供了技术支持。
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公开(公告)号：CN106702007A
公开(公告)日：2017-05-24
申请号：CN201710118877.4
申请日：2017-03-02
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明涉及一种高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供的高分辨率核酸结合/熔解荧光检测方法，包括以下步骤：1)预测RNA‑RNA相互作用区域；2)所述RNA‑RNA相互作用区域内序列多态性分析；3)以所述步骤2)得到的相互作用区域内的含1～5个靶位点的序列为模板，合成相互作用区域内的寡核苷酸片段；4)利用Realtime‑PCR对升温与降温过程中相互作用的寡核苷酸片段结合产生的荧光强度数值进行检测；5)根据所述荧光强度数值绘制荧光变化曲线。本发明提供的检测方法检测效率高、灵活性好，且配套条件简单，实验成本低。
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公开(公告)号：CN106599607A
公开(公告)日：2017-04-26
申请号：CN201611143308.7
申请日：2016-12-13
Applicant: 北京林业大学
IPC: G06F19/12
CPC classification number: G06F19/12
Abstract: 本发明提供了一种光合通路基因调控网络的构建方法，包括以下步骤：1)获得物种的光合通路基因的SNP数据；2)对物种的表型性状测定，得到表型数据；3)利用所述步骤1)得到的SNP数据和所述步骤2)得到的表型数据进行基因位点间的上位性模式检测，确定两两基因间的相互作用关系；4)验证所述步骤3)得到基因间的相关性；5)以所述步骤3)得到具有相关性的基因为候选基因，构建基因调控网络；所述步骤1)和步骤2)之间没有时间顺序限制。本发明提供的构建方法综合考虑基因位点变异及生物群体表型，通过计算位点间上位性，更精确地构建基因调控网络，并且对光合作用机理的研究及其改良具有重要的理论意义和实用价值。
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公开(公告)号：CN104293775B
公开(公告)日：2016-12-28
申请号：CN201310298867.5
申请日：2013-07-16
Applicant: 北京林业大学
Abstract: 本发明公开了一种筛选抗逆杨树的分子标记、筛选方法、试剂盒及应用。其中，该分子标记为采用MSAP法检测的分子标记，分子标记包括MS1，MS2，MS3，MS4，MS5，MS6，MS7，MS8，MS9，MS10。应用本发明确定的筛选抗逆杨树的分子标记，可以在杨树生长的早期进行筛选出逆境胁迫适应性强、生活力高的植株，极大地缩短林木育种选择周期，对发展杨树速生丰产纸浆林、确保我国林业持续稳定地提供高得率工业纸浆原料具有重要的战略意义。
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