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公开(公告)号：CN101748213B
公开(公告)日：2013-05-08
申请号：CN200910258132.3
申请日：2009-12-14
Applicant: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
Abstract: 本发明适用于生物工程领域，提供了一种环境微生物检测方法和系统，所述方法包括下述步骤：采用高通量的测序技术对从环境样本中提取的DNA进行测序，得到DNA标签序列；去除所述DNA标签序列中存在的载体污染；将所述DNA标签序列与已知数据库中的已知序列进行比对，并根据比对结果确定所述DNA标签序列的所属分类。本发明实施例可以检测到环境样本中可能存在哪些微生物物种或哪一类微生物物种。
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公开(公告)号：CN102533944A
公开(公告)日：2012-07-04
申请号：CN201010582865.5
申请日：2010-12-10
Applicant: 深圳华大基因科技有限公司 , 深圳华大基因研究院
IPC: C12Q1/68
CPC classification number: C12Q1/6827 , C12Q2525/117 , C12Q2537/164
Abstract: 本发明提供了用于分析样品DNA的甲基化状况的半甲基化接头，包含此类半甲基化接头的试剂盒，此类半甲基化接头和试剂盒的用途，以及使用此类半甲基化接头分析样品DNA的甲基化状况的方法。
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公开(公告)号：CN102517392A
公开(公告)日：2012-06-27
申请号：CN201110439198.X
申请日：2011-12-26
Applicant: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
Abstract: 本发明公开一种基于宏基因组16S高可变区V3的分类方法和装置。该方法包括：提取微生物样品中的DNA；对宏基因组16S rDNA的高可变区V3进行扩增，对扩增产物进行Solexa建库，同时在建库过程中通过加上带有标签序列的接头，对每个样品进行标记；将带有标签序列的不同样品进行混合，混合后使用Solexa测序工具进行测序，得到按照标签区分的原始的测序序列reads；利用reads的重叠关系组装得到高可变区V3的全长序列unique reads；对unique reads进行分类分析，以实现对微生物群体的分类。本发明的方法和装置，对微生物群体的分类准确，且大大降低了测序成本。
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公开(公告)号：CN102367454A
公开(公告)日：2012-03-07
申请号：CN201110306701.4
申请日：2011-10-11
Applicant: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
IPC: C12N15/85 , C12N5/10 , C12N15/877 , A01K67/027
Abstract: 本发明提供了一组适于转化细胞的载体、适于转化细胞的载体、制备转基因细胞的方法、非人转基因动物细胞、制备非人转基因动物的方法、非人转基因动物或其后代。根据本发明的实施例，所述的一组适于转化细胞的载体包括：第一载体，所述第一载体包含附着子序列；以及第二载体，所述第二载体包含目的核酸序列。利用这一组适于转化细胞的载体，可以有效地构建无标记的转基因细胞。
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公开(公告)号：CN101457253B
公开(公告)日：2011-08-31
申请号：CN200810218340.6
申请日：2008-12-12
Applicant: 深圳华大基因研究院
CPC classification number: G06F19/24 , C12Q1/6874 , G06F19/22
Abstract: 本发明适用于基因工程技术领域，提供了一种测序序列纠错方法、系统及设备，所述方法包括下述步骤：接收测序序列，根据预设的高频阀值构造高频短串表；遍历接收到的各测序序列，结合所述高频短串表在各测序序列上查找连续为高频短串最多的区域；根据相应接收到的测序序列和所述高频短串表，在查找到的所述区域左侧和/或右侧构造全是高频短串的左序列和/或右序列；根据构造的所述左序列和/或右序列，以及查找到的所述区域还原相应测序序列。在本发明中，根据预设的高频阀值构造高频短串表，结合构建的高频短串表将各测序序列中非连续高频短串区域的序列恢复为连续高频短串区域的序列，提高后续对测序序列进行分析、处理的准确性。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN101430742B
公开(公告)日：2011-06-29
申请号：CN200810218338.9
申请日：2008-12-12
Applicant: 深圳华大基因研究院
CPC classification number: G06F19/22
Abstract: 本发明适用于基因工程技术领域，提供了一种组装基因组的方法，所述方法包括下述步骤：接收测序序列；分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串，并得到所述短串的左、右连接关系；将得到的各所述短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为de Bruijn图的一个节点；根据构建的de Bruijn图对基因组进行组装。在本发明中，通过分别将接收到的测序序列逐个碱基滑动切割得到固定碱基长度的短串及短串的左、右连接关系，将得到的各短串的序列值，左、右连接关系及其连接数量存储为de Bruijn图的一个节点，实现了一种组装基因组的方法，能对大基因组进行组装，占用内存小、速度快。
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公开(公告)号：CN101751517A
公开(公告)日：2010-06-23
申请号：CN200910252466.X
申请日：2009-12-11
Applicant: 深圳华大基因研究院
Abstract: 本发明适用于基因工程技术领域，提供了一种基因组短序列映射的快速处理方法及系统，所述方法包括下述步骤：将测序序列按预设长度短串的碱基值排序；将序列片段重叠群逐个碱基切割成所述预设长度的短串；依次根据所述序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系。在本发明中，通过将测序序列按预设长度短串的碱基值排序，并将序列片段重叠群逐个碱基切割成预设长度的短串，依次根据序列片段重叠群中所切割成的短串的碱基值在排序后的测序序列中查找相应的测序序列，建立映射关系，实现了用于短序组装中的一种短序列映射，处理时间短、效率高。
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公开(公告)号：CN104603283B
公开(公告)日：2017-09-19
申请号：CN201280075072.1
申请日：2012-08-22
Applicant: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
Abstract: 本发明提出了确定对象中异常状态相关生物标记物的方法和系统，包括：对来自第一对象的核酸样本和来自第二对象的核酸样本进行核酸测序，以便获得分别由第一测序结果和第二测序结果构成的多个测序序列，其中，所述第一对象具有所述异常状态，所述第二对象不具有所述异常状态，所述来自第一对象的核酸样本和所述来自第二对象的核酸样本都是分离自相同类型的样本，所述第一对象和所述第二对象属于相同物种；以及基于所述第一测序结果和所述第二测序结果的差异，确定所述异常状态相关生物标志物。
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公开(公告)号：CN104540962B
公开(公告)日：2017-09-19
申请号：CN201280075074.0
申请日：2012-09-03
Applicant: 深圳华大基因研究院 , 深圳华大基因科技有限公司
CPC classification number: Y02A50/473
Abstract: 本发明提出了糖尿病生物标志物及其应用。其中，糖尿病生物标志物为嗜黏蛋白阿克曼氏菌Akkermansia muciniphila、肠道拟杆菌Bacteroides intestinalis、拟杆菌属Bacteroides sp.20_3、鲍氏梭菌Clostridium bolteae、哈氏梭菌Clostridium hathewayi、多枝梭菌Clostridium ramosum、梭菌属Clostridium sp.HGF2、共生梭菌Clostridium symbiosum、脱硫弧菌属Desulfovibrio sp.3_1_syn3、缓慢爱格士氏菌Eggerthella lenta、大肠埃希氏菌Escherichia coli、梭菌目Clostridiales sp.SS3/4、直肠真杆菌Eubacterium rectale、普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii、副流感嗜血杆菌Haemophilus parainfluenzae、肠道罗斯拜瑞氏菌Roseburia intestinalis、以及食葡糖罗斯拜瑞氏菌Roseburia inulinivorans。
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公开(公告)号：CN103255168B
公开(公告)日：2015-07-01
申请号：CN201310163086.5
申请日：2013-05-06
Applicant: 深圳华大基因研究院
IPC: C12N15/85 , C12N5/10 , C12N15/873 , A01K67/027
Abstract: 本发明公开了构建体及其应用。其中，构建体包含：第一核酸分子，该第一核酸分子具有SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列；以及第二核酸分子，该第二核酸分子具有SEQ ID NO：2所示的核苷酸序列。借助该构建体，能够将与IGF1基因2号外显子两侧翼内含子序列同源的SEQ ID NO：1-2所示的核苷酸序列引入到动物细胞中，进而，能够通过同源重组实现对动物细胞中的IGF1基因敲除，从而能够有效地干扰动物生长轴通路，进一步，可以抑制动物的生长，使得动物的体型比野生型动物小。
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