公开(公告)号：CN110066862B

公开(公告)日：2021-02-12

申请号：CN201910428254.6

申请日：2019-05-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 王建新 ,  张先凯 ,  廖兴宇 ,  李敏 ,  李洪东

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序读数的重复DNA序列识别方法，包括：由高通量测序的读数得到高频k‑mer集合，根据高频k‑mer集合对读数进行筛选，使得包含高频k‑mer较多的读数保留下来，成为高频读数；使用序列组装工具组装高频读数，得到contigs序列；对contigs序列进行筛选，保留下的所有contigs序列即为重复DNA序列。本发明可以从高通量测序读数中识别重复DNA序列，而无需物种参考序列，可以适用于参考序列未知的物种的重复DNA序列识别，并且本发明是通过组装高频读数得到重复DNA序列，相对于组装高频k‑mer得到重复DNA序列，提高了识别重复DNA序列的准确率。

公开(公告)号：CN110066862A

公开(公告)日：2019-07-30

申请号：CN201910428254.6

申请日：2019-05-22

Applicant: 中南大学

Inventor： 王建新 ,  张先凯 ,  廖兴宇 ,  李敏 ,  李洪东

IPC: C12Q1/6869

Abstract: 本发明公开了一种基于高通量测序读数的重复DNA序列识别方法，包括：由高通量测序的读数得到高频k-mer集合，根据高频k-mer集合对读数进行筛选，使得包含高频k-mer较多的读数保留下来，成为高频读数；使用序列组装工具组装高频读数，得到contigs序列；对contigs序列进行筛选，保留下的所有contigs序列即为重复DNA序列。本发明可以从高通量测序读数中识别重复DNA序列，而无需物种参考序列，可以适用于参考序列未知的物种的重复DNA序列识别，并且本发明是通过组装高频读数得到重复DNA序列，相对于组装高频k-mer得到重复DNA序列，提高了识别重复DNA序列的准确率。