公开(公告)号：CN105695572A

公开(公告)日：2016-06-22

申请号：CN201610072778.2

申请日：2016-02-02

Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所

Inventor： 张殿昌 ,  朱克诚 ,  刘田田 ,  江世贵 ,  张楠 ,  郭华阳

IPC: C12Q1/68 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。该方法提高分子标记开发的效率，且开发的SSR分子标记能高效应用于遗传学、增殖放流评估等方面的研究。

公开(公告)号：CN105695572B

公开(公告)日：2021-02-23

申请号：CN201610072778.2

申请日：2016-02-02

Applicant: 中国水产科学研究院南海水产研究所

Inventor： 张殿昌 ,  朱克诚 ,  刘田田 ,  江世贵 ,  张楠 ,  郭华阳

IPC: C12Q1/6858 ,  C12N15/10

Abstract: 本发明公开了一种基于Indel和SSR位点技术大批量且高效开发分子标记的方法，包括以下步骤：(1)选取至少3个待开发样品，分别提取待开发样品的DNA；(2)对各待开发样品的DNA样品进行酶切并构建测序文库并测序；(3)所有待开发样品的基因组混合后进行组装获得Contigs；(4)利用Contigs与各待开发样品个体序列进行比对，根据Indel和SSR的位点信息，获得内部存在Indel的SSR位点，作为候选多态性SSR位点；(5)根据获得的候选多态性SSR位点设计引物，PCR扩增和测序，选取带型稳定清晰条带，作为待验证分子标记引物；(6)利用所得的分子标记引物，PCR扩增不同的待开发样品，选取具有多样性的分子标记，获得分子标记。该方法提高分子标记开发的效率，且开发的SSR分子标记能高效应用于遗传学、增殖放流评估等方面的研究。