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公开(公告)号：CN109371166B
公开(公告)日：2021-09-24
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109371166A
公开(公告)日：2019-02-22
申请号：CN201811582470.8
申请日：2018-12-24
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12N15/113
Abstract: 本发明提供了一种高通量检测植物circRNA等位位点差异表达的方法，属于基因表达检测技术领域，所述方法包括以下步骤：1)提取植物样品总RNA，构建链特异性文库；2)用Illumina HiSeq对所述链特异性文库进行双端测序；3)从原始测序数据中筛选circRNAs数据；4)提取circRNAs数据中circRNAs成环处的反向剪接reads；5)对所述反向剪接reads进行单核苷酸变异检测；6)统计所述反向剪接reads中比对到所述SNP位点的不同基因型的reads数，以比对到不同基因型的reads数的比例为不同基因型的表达量比例。所述方法可以高通量、准确检测circRNA等位位点的差异表达。
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公开(公告)号：CN111808935B
公开(公告)日：2022-09-23
申请号：CN202010709376.5
申请日：2020-07-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B30/10
Abstract: 本发明提供了一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，涉及分子遗传学技术领域。本发明所述鉴定方法利用miRNA测序和降解组测序数据系统批量挖掘植物内源siRNA的靶基因，进而为小干扰RNA的功能研究提供重要信息。本发明所述鉴定方法充分利用了第二代高通量测序技术，可以对siRNA及其靶基因进行高通量的筛选，克服了遗传转化手段的繁琐；能更精确地鉴定siRNA转录调控的靶基因，并且对siRNA功能研究具有重要的理论意义和实用价值。
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公开(公告)号：CN109338011A
公开(公告)日：2019-02-15
申请号：CN201811563126.4
申请日：2018-12-20
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种高通量筛选植物基因组等位不平衡表达的杂合变异位点的方法，属于遗传学研究领域，包括以下步骤：1)外源调控因素处理植物材料获得处理样品；2)提取处理样品和对照样品的总RNA，构建链特异性测序文库并进行高通量测序；3)过滤所述原始测序数据获得clean reads；4)将所述clean reads分别与参考基因组进行比对获得比对结果；5)删除比对结果中多余复制读段，将出现INDEL位点周围的序列进行重新比对获得最终比对结果数据；6)将所述最终比对结果数据进行等位位点变异筛选获得等位不平衡表达的杂合变异位点。所述方法解决了在等位水平上解析基因组对外界环境响应的分析难题。
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公开(公告)号：CN109338011B
公开(公告)日：2021-09-24
申请号：CN201811563126.4
申请日：2018-12-20
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6895 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明提供了一种高通量筛选植物基因组等位不平衡表达的杂合变异位点的方法，属于遗传学研究领域，包括以下步骤：1)外源调控因素处理植物材料获得处理样品；2)提取处理样品和对照样品的总RNA，构建链特异性测序文库并进行高通量测序；3)过滤所述原始测序数据获得clean reads；4)将所述clean reads分别与参考基因组进行比对获得比对结果；5)删除比对结果中多余复制读段，将出现INDEL位点周围的序列进行重新比对获得最终比对结果数据；6)将所述最终比对结果数据进行等位位点变异筛选获得等位不平衡表达的杂合变异位点。所述方法解决了在等位水平上解析基因组对外界环境响应的分析难题。
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公开(公告)号：CN111808935A
公开(公告)日：2020-10-23
申请号：CN202010709376.5
申请日：2020-07-22
Applicant: 北京林业大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B30/10
Abstract: 本发明提供了一种植物内源siRNA转录调控关系的鉴定方法，涉及分子遗传学技术领域。本发明所述鉴定方法利用miRNA测序和降解组测序数据系统批量挖掘植物内源siRNA的靶基因，进而为小干扰RNA的功能研究提供重要信息。本发明所述鉴定方法充分利用了第二代高通量测序技术，可以对siRNA及其靶基因进行高通量的筛选，克服了遗传转化手段的繁琐；能更精确地鉴定siRNA转录调控的靶基因，并且对siRNA功能研究具有重要的理论意义和实用价值。
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