公开(公告)号：CN116144785A

公开(公告)日：2023-05-23

申请号：CN202211175107.0

申请日：2022-09-26

Applicant: 南京大学

Inventor： 杨江华 ,  钱林皓 ,  张效伟

IPC: C12Q1/6888 ,  C12Q1/6851 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/689 ,  C12N15/11 ,  C12R1/19

Abstract: 本发明公开了一种基于环境DNA宏条形码技术的鱼类定量方法，属于鱼类多样性研究领域。该方法在现有技术基础上，在DNA提取步骤中加入转化了单拷贝质粒的大肠杆菌，通过单拷贝质粒的提取效率来校正DNA提取的误差，使获得的样品中DNA拷贝数更加准确；在PCR扩增步骤中加入梯度参照物，扩增后测序获得梯度参照物的reads数，拟合得到DNA拷贝数与reads数之间的线性斜率，结合测序获得的样品DNA的reads数，计算样品中DNA拷贝数。通过DNA提取、PCR扩增和测序的联合校正，弥补了现有方法中未考虑DNA提取过程和PCR过程误差的不足，可以使得测序数据更好地反映鱼类的绝对丰度，具有大规模推广应用的潜力。