用于Pacbio平台的DNA大片段文库构建方法和试剂盒

    公开(公告)号:CN107794575A

    公开(公告)日:2018-03-13

    申请号:CN201710962325.1

    申请日:2017-10-16

    Abstract: 本申请公开了一种用于Pacbio平台的DNA大片段文库构建方法和试剂盒。本申请用于Pacbio平台的DNA大片段文库构建方法,包括对打断的DNA大片段进行ExoVII酶处理;然后依序进行第一次DNA损伤修复、末端修复处理和加接头处理、外切酶ExoIII和ExoVII双酶切处理;然后,采用核酸电泳和片段回收系统对双酶切处理的产物进行片段分选;对片段分选产物进行第二次DNA损伤修复,即获得适用于Pacbio平台的DNA大片段文库。本申请的DNA大片段文库构建方法,整个建库过程无需使用Pacbio建库试剂盒,大大降低了建库成本,为第三代测序和Pacbio核酸测序平台的推广应用奠定了物质基础。

    用于第三代单分子测序的PCR产物测序文库构建方法

    公开(公告)号:CN107641838A

    公开(公告)日:2018-01-30

    申请号:CN201610584446.2

    申请日:2016-07-22

    Abstract: 本发明公开了一种用于第三代单分子测序的PCR产物测序文库构建方法,包括:将PCR产物进行末端修复和加A反应之后,与接头序列连接,其中接头序列是单一序列,从5’端的第一个碱基开始有一段序列与从3’端的第二个碱基开始的一段对应序列互相配对,且3’端的第一个碱基是T碱基,并且接头序列中间部分有一段序列不能互相配对,使得接头序列自配对后形成具有突出的3’端T碱基、配对双链序列和不配对的环状结构的形式;接头序列连接之后,进行外切酶消化和纯化,得到PCR产物测序文库。本发明的方法解决了建库成本过高的问题,并且针对PCR产物建库,简化了现有的建库流程和试剂,使其更加适用于PCR产物建库测序。

    一种优化的大片段DNA提取方法

    公开(公告)号:CN110914424A

    公开(公告)日:2020-03-24

    申请号:CN201780090792.8

    申请日:2017-08-22

    Abstract: 提供了一种大片段DNA的提取方法,包括三个步骤:(1)样品研磨与裂解:其中使用了包含PVP、焦亚硫酸钠、氯化钠、Tris、EDTA和SDS的第一溶液和核糖核酸酶A;(2)抽提:分别使用了5M醋酸钠的第二溶液,包含PEG8000和氯化钠的第三溶液后,再用氯仿/异戊醇抽提;(3)沉淀与清洗。该方法可用于解决多糖多酚物种的提取难题,提取样品完整性大于40kb。

    一种用于边合成边测序的测序仪的通用型PCR扩增融合引物

    公开(公告)号:CN107475352A

    公开(公告)日:2017-12-15

    申请号:CN201610405876.3

    申请日:2016-06-08

    CPC classification number: C12Q1/6869 C12Q2535/122 C12Q2563/179 C12Q2565/501

    Abstract: 本发明公开了一种用于边合成边测序的测序仪的通用型PCR扩增融合引物,该融合引物是一套由多条引物组成的引物组合,其中每条引物由5’端至3’端依次包括:用于固定所述融合引物于固体介质的连接序列片段(101),用于区分不同样本的标签序列片段(102),用于与测序引物配对的测序序列片段(103),用于在不同样本之间的扩增片段中形成碱基差异以平衡碱基的差异序列片段(104),以及用于捕获目标区域的扩增引物序列片段(105),其中所述多条引物之间的所述差异序列片段(104)互不相同。使用本发明的融合引物能够减少扩增步骤,实现碱基平衡,使扩增的PCR产物测序质量更高。

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